国际农业生物科技产业应用中心（ISAAA）2014年公布报告，巴西是仅次于美国、全球栽培基改作物第2多的国家，同时也是农药使用大国。2003年6月13日，巴西政府批准美国农业生物科技公司孟山都（Monsanto）研发的“抗农达”（RoundUpReady）基改黄豆正式在巴西栽种，12年以来，基改作物不只攻下面积可观的市场，也让巴西成为农药使用大国，对环境的冲击与损害难以估计。

ISAAA报告指出，2013年巴西共栽种4030万公顷的基改黄豆、玉米和棉花;美国栽种7020万公顷。阿根廷排名第3（2440万公顷），其次是印度（1100万公顷）、加拿大（1080万公顷）、中国大陆（420万公顷）、巴拉圭（360万公顷）、南非（290万公顷）、巴基斯坦（ 280万公顷）、乌拉圭（150公顷）。

巴西主要栽种的基改作物为黄豆、玉米、棉花及稻米，大片栽种基改作物固然是因其经济利益考量，但发展生质燃料只占其中一小部分，主要仍为降低生产成本，提高产量与利润。

虽然巴西因利用甘蔗等植物提炼汽车用酒精（乙醇），生质燃料技术一度领先全球，被誉为“绿色的沙乌地阿拉伯”，近10年却因政府“重石油、轻生质燃油”的政策而被忽视。

巴西地理统计局（IBGE）报告指出，2013年巴西农耕总面积为7400万公顷，基改作物所占面积相当于全部的54%;90%以上的黄豆和玉米，以及近50%的棉花都是基改。

换言之，巴西市面上销售的众多使用黄豆和玉米的加工食品、动物饲料等，绝大多数都含基改成分，只是多数消费者不知道或根本没有留意。

ISAAA报告还指出，因采用抗虫（Bt）与抗除草剂基改作物的缘故，1996至2012年间减少4.97亿公斤化学药剂的喷洒，并间接减少农耕机使用率，减少二氧化碳排放量。

ISAAA指出，因基改作物有抗虫、抗病特性，可减少作物损失，提高产量，1996至2012年间减少栽种1.23亿公顷面积的同时，确保维持目前的粮食产量。

虽然如此，巴西绿色和平组织（Greenpeace）认为，大量使用基改作物的农业模式不可持续：巴西因栽种基改作物增加农药使用量，已经严重威胁土地、农业生物多样性及农产品质量安全。

巴西中西部是黄豆及玉米主要产地。马托格罗索（Mato Grosso）州黄豆暨玉米产商协会（Aprosoja）最新调查也指出，今年4月约69%的农产商增加对抗虫基改玉米喷洒农药剂量。

协会专家桑契士（Cid Sanches）认为这是值得注意的现象，因为使用抗虫害化学药剂的需求量提高，可能意味基改科技开始失去效率。