共济会是世界上最神秘的结社之一，存在了几千年的共济会宣扬博爱和慈善的思想，世界上众多的著名人士和政治家都是共济会成员。而弗里吉亚帽又称自由帽（Liberty Cap），是一种与头部紧密贴合的圆锥形的无边软帽。古代小亚细亚的弗里吉亚人（Phrygia）曾佩戴这种帽子。古希腊人描绘特洛伊王子帕里斯的形象时，为了说明他不是希腊人，就在他的头上加一顶弗里吉亚人的帽子。到了近代流行一种说法：在古希腊和古罗马，获释的奴隶会佩戴弗里吉亚帽，它因此与自由和解放联系起来。在美国独立战争和法国大革命中，弗里吉亚帽成为象征自由和解放的标志并广为传播。名画《自由引导人民》（La Liberte guidant le peuple）中，自由女神就佩戴着弗里吉亚帽。实际上，动画片《蓝精灵》（Les Schtroumpfs）中的主角也戴着弗里吉亚帽。金苹果对此二者的影像显示也许预示着什么，这也让更多人相信第三部“刺客信条”将发生在美国独立战争时期。

从整个剧情看，《兄弟会》衔接上了《刺客信条Ⅱ》，但也留下了更多的疑团。首先从出现的“神”开始 ，《刺客信条Ⅱ》中出现的是Minerva，《兄弟会》里的女神是Juno，那么《刺客信条》第三部似乎也会出现一个神来解释最终的真相。这个神祗已经有了猜测的对象，那就是罗马神话中的女神维纳斯（Venus），对应希腊神话里的阿芙洛狄忒。

希腊神话在描述特洛伊战争时，根本的起因是纷争女神艾里斯（Eris）因为未被邀请参加海洋女神特提斯（Tethys）的婚礼而扔下金苹果，引起诸神的纷争。金苹果上写着“送给最美的”，于是3个女神开始争执，她们恰好就是雅典娜、赫拉和阿芙洛狄忒。于是她们找了一个裁判——特洛伊王子帕里斯。3个女神对帕里斯都有许诺：赫拉他给无上的权利，雅典娜愿意赐给他智慧和力量，阿芙罗狄忒答应让世界上最漂亮的女子爱上他，做他的妻子。如果“刺客信条”的故事灵感果真来自这里，那么似乎可以推断，《刺客信条Ⅲ》的主角应该会有一段正式的“爱情”，他的对象就是《兄弟会》结尾处，赫拉让Desmond前去寻找的那个“她”——能激活第六感的“她”，同时也是夏娃（最初的刺客之一）。神话中，帕里斯最后把苹果给了阿芙洛狄忒，我们似乎也能期待“刺客信条”的故事会在阿芙洛狄忒那里找到最后的答案。

《兄弟会》里也有一些情节暗示了16号实验对象的存在。16号虽然已经死去，但却将自己的影像留在了Desmond的记忆里，并且引导他去发现真相。16号帮助Desmond对抗了圣殿骑士，实际上似乎又别有用心，也许他想利用Desmond和作为“神”的先行者发生冲突。在《兄弟会》最后的大教堂里，赫拉曾对Desmond讲过一些似是而非的话，可能正是指向了16号。那么结论也许是：圣殿骑士一心想利用外星人强大的武器统治世界，刺客们凭借着外星血统抵抗了他们很多世纪，后来发现其实自己很有可能被外星人利用了。已经死去的16号发现了这个秘密，一步步指引Desmond与神对抗。

从已知的伊甸园碎片来看，无论是可以发出“战神之怒”的圣剑，还是可以起死回生的耶稣裹尸布，以及游戏中重点描述、玩家可以亲手使用的金苹果，都是外星种族高科技的产物，都是在人类历史上凭一己之力改变现实的神器。因为我们是不是可以假设一下：如果外星种族意图卷土重来，那么这些神器的回收也就势在必行呢？由此看来确实让人有些胆战心惊，刺客们是不是几千年来忽视了天上的大敌呢？Lucy之“死”确实为我们敲响了警钟：刺客们如此轻易就被先行者控制，是一件多么危险的事。如此一来，幻想一下未来的圣殿骑士和阿萨辛联合作战也不无可能。

同样，还有另一种可能也被玩家热烈讨论，那就是受到了《盗梦空间》的启发，有人发现在Animus之外的现实世界里也有一些诡异的事情发生，是否有可能，Desmond其实一直身处另一个Animus所营造的虚拟世界中呢？也就是所谓的“梦中梦”：他以为通过游历祖先记忆的方式把伊甸园碎片的信息带给了“现实中”的刺客同伴们，可实际上所谓的Lucy等同伴也是虚拟世界营造出来的？这种说法虽不是主流，但是也不是没有可能性。

随着“刺客信条”系列的成功，游戏中的这些谜团也许会随着续作的不断到来持续更长的时间，也可能随着编剧们的灵感突发蔓延成更大的故事脉络。套用《X档案》片头那句经典台词来作为本文的结束语，那就是“The TRUTH is out there”。

真相就在眼前，揭晓尚待时间。

“刺客信条”的真相最可能掌握在这3个人的脑海里：Patrice Desilets，已经去THQ高就；Jeffrey Yohalem，首席编剧，耶鲁大学的高材生，主修英国文学；以及Corey May，拥有自己的制作公司，承接各种影视、游戏的剧本写作和开发任务。