调查完毕，回去和I-Man复命，发现I-Man早就知道了Collectors，他告诉你，Collectors在为Reaper工作，至于为什么对人类如此关注，或许是因为你在初代的表现过于优异引起了他们的兴趣。I-Man告诉你这帮家伙的老家在非常遥远的天边，要去那里只能通过Omega-4号Mass Relay才能到达，但是古往今来，进去过的人就没有再出来过的。所以想要解决掉他们将会非常危险，甚至就是去送死。I-Man让你去组建一支精英队伍来准备这项使命，他给了你一份名单，上面是挑选出来的银河精英，他要你招募这些人，组建一支强大的队伍，所有成员必须万众一心，才能完成任务然后安然返回，与此同时，他会去研究如何安全地通过Omega-4。最后，I-Man为了让你为他死心塌地干活，不但给你找来了初代天才驾驶员Joker和老医生，还附带送给你一加全新的加长豪华版诺曼底二号。至此，你的旅程正式开始。

第二章

在你招募的过程中（省略剧情数段，字数上千），I-Man会告诉你有一个殖民地正在遭受攻击，而你的前队友Ashely/Kaiden(默认为Ashely)在那里执行任务，听到自己前女友即将遭到不法之徒的侵害，你义不容辞地推掉所有事务，让Joker掉转船头飞速赶往殖民地，当飞船赶到时，发现已经晚了一步，Collectors早已卷走绝大部分居民，而你抱着一线希望，靠着Mrodin新研制的驱蚊护甲，直接冲了进去，第一次于这种敌人交锋的你一路前行，来到一间锁着的仓库，烧掉保险丝，你发现里面竟然有个幸存者，他告诉你，虫子从天而降，麻痹了所有人，然后大虫子就下来把抓到的人带走，他告诉你这里不久前刚造了一座大型炮塔，不过由于导航系统还没装好，所以来不及使用，而这座炮塔就是Ashley负责送往殖民地作为防御的。你立马接通船上的人工智能系统EDI，问它能否远程将炮塔接通使用，EDI告诉你需要时间调试，于是你们一伙人在炮塔周围展开了防御战。

最终一番苦战之后，EDI修复了殖民地的炮台，愤怒的火炮像远处的Collector飞船喷射而去，挨了揍的飞船识趣地点火飞走，连带的掠走了他们抓住的人类，不过好在Ashely活了下来，她很欣喜地看到你还健在，激动无比，然而，在她看到你身后（悲剧....下次不带人了）Cerberus标志之后，和Tali反应一样，甚至更剧烈，直接质问你到底和这场侵略有什么关联，你费了很大口水才弄明白原来星盟认为这一系列的劫持事件都是Cerberus在背后搞的鬼，你有是一番口水解释清楚，她平静下来，开始重新关注你，你心情万分，想重燃旧情，骗她上船，哪知她态度强硬，坚决不予Cerberus为伍，弄得你好不尴尬，道不同不相为谋的你只好悻悻于她道别。继续回到飞船四处寻找新的下手对象。

第三章

在继续诱骗了几个受害者上船之后，I-Man告诉你在银河某处Turian攻下了一艘Collectors的飞船，希望你抢在他们的调查队伍到达前，先行一步搜寻能够帮助你穿越Omega-4 的线索，二话不说，掉转船头（二代这个强制剧情还真不习惯....）目标：Collectors的破铁管子！

一伙人开着飞船浩浩荡荡来到了飞船抛锚之地，发现上面所有系统统统离线，整艘船安静的令人胆寒，你状着胆子，挑了几个胆大的或是分散你注意力给你壮胆的（后宫队飘过....）潜入了进去，外面看起来像根下水道钢管的Collectors飞船，内部倒是四通八达，EDI告诉你经过对比，这艘飞船真是两年前击沉诺曼底号的那艘，真是风水轮流转，边走边想着怎么报复的你在里面发现了许多像茧一样的容器，就是他们用来运送奴隶的工具，以及一些尸体，你盘算的会不会还有活人在这里，边想边加快了脚步，走到一处控制台前，你发现一具Collector的尸体躺在一堆仪器周围，你连通EDI开始调查。EDI搜寻其中的资料后告诉你Collectors正在研究人类，原因不明，但是另个调查结果让你大为震惊的是，EDI对比了Collectors和银河系所有已知的DNA结构后，告诉你他们就是全银河系文明的偶像，超级文明的代表——早已被Reaper赶尽杀绝了的Prothean！

曾经在灭族的最后关头研制出了阻断Reaper全线进攻的通道的代码一举拯救了这一代银河文明的Prothean，被认为是最高科技代表，出现在无数种族的神话之中备受敬仰的古代种族，竟然是一群贪生怕死为Reaper干活的奴才！惊讶的嘴都合不上的你再三要求EDI确认这一结果，EDI告诉你虽然被Reaper进行了改造，但他们的的确确是已经灭绝的Prothean，无奈的你只好接受这一事实，继续前行，准备去飞船主控室搜寻有用资料，途中来到开阔地，你发现一处宽广的大厅，大厅的墙壁上堆满了密密麻麻的虫茧，你意识到这里是Collector的储存室，所有抓来的人都被他们存放在这里，而这一间屋里里起码有成千上万的茧，而且都因为飞船动力的失效而被切断的生命维护系统，上万生命瞬间蒸发。

来到主控制台，将资料上传给EDI，发现EDI被入侵，这一切的一切竟然是个陷阱，几秒钟前还寂静的跟墓地一样的控制室，一瞬间，大量Collectors驾着浮游平台向你飞来。在EDI对抗入侵的同时，你只好抵御一波接一波的敌人。又是一番苦战，EDI重新控制了Collector的飞船，给你清理出一条退路，众人边打边退，总算有惊无险的在那破铁管所有系统恢复开炮前逃离了现场。

回到船上，紧张的心还没平稳下来，EDI就告诉你根据她的解析，她认为I-Man很有可能早就知道这是一个陷阱，但仍然让你往里面跳，感觉被欺骗了的你二话不说直接冲进了飞船联络室和I-Man对峙，谁知I-Man完全不加掩饰，证实了EDI的猜测，你火冒三丈的准备问候他祖宗三代，I-Man在一次讲事实，讲清理地告诉你如果不这么做，就证实不了Collector和Reaper之间的联系，也获取不到相关的资料，而且他相信你能够全身而退。古人都说秀才遇到兵有理说不清，但是在I-Man面前，天远地远，你也无法拿他怎么办，只好接受了他的说法.I-Man还告诉你EDI证实了Collectors船只装有IFF，这就说明Omega-4是具有敌我识别功能的，而IFF就是一个安全通关凭证。所以行动的下一步计划就是取得一块IFF，这时I-Man有满脸坏笑地告诉你他们的科研队伍发现了一艘失效了的Reaper（本身就是一艘有着自我意识的船），而科研小队却在登上Reaper之后失去了联系，至今不明。因此I-Man需要你去搜寻船上的IFF模块。

同时，EDI告诉你通过解析从Collectors船上搜集的资料，它锁定了Reaper的老家——银河核心。好家伙....敢呆在那种地方，足以证明他们的科技已经远远凌驾于现有银河文明之上，在那样充满黑洞和剧烈能量的地方生存，难怪进入Omega-4 的飞船从没有返回的。EDI猜测Reaper一定是在核心附近发现某处较为稳定的区域，并建立Omega-4作为关口，一般飞船如果没有IFF就不能准确地被传送到这块区域从而纷纷散架。这就进一步证明了，获取他们的IFF模块至关重要。 现在一切的关键都在那艘失效了的Reaper上了。