第7关 Searching for the needle

核战结束时，Contingent趁机占领了地球上的大部分城市，并建造了自己的殖民地。而地球上的原始居民则自发地形成了抵抗组织Alliance，采用游击战术与Contingent周旋。为此，Contingent生产了大量没有灵魂，只会进行破坏的克隆战士，利用他们来对付Alliance，各种规模的克隆工厂遍及世界各地。

Contingent使用废弃的铁路将大量物资输送到基地。对此Alliance展开一系列游击战来打击敌人，但很多战斗都以失败告终。其间Zuzka中校带领的游击队在一次战斗中遇到一件非常奇怪的事情，他们发现Contingent正在追踪一个年仅8岁的男孩，可是变异人却始终无法靠近男孩。出于好奇，Zuzka决定带领部队查出其中的原委。

当部队劫持下敌人的火车后，Zuzka指挥部队向东行进，据说男孩就藏身于战场的东端。路上，干掉从南面冲过来的敌人，在铁道边遇到一个家伙，说他精神失常的弟弟藏在南面的一个小屋子里面，并请Zuzka将他的一些财宝从那里带回来。来到南面的房子前，干掉屋内外的敌人，发现并没有什么财宝，原来是上了先前那人的当。接下来杀死从东面和北面冲过来的敌人，在战场东侧找到小男孩。Zuzka与之交谈，小男孩让部队赶紧跟着他从战场东端离开。于是大家迅速来到战场东侧的红色区域，随着小男孩离开了战场。同时，在另一个地方……

第8关 The Pilot

Alliance成功地打落了Contingent一艘盘旋在地球轨道上的太空飞船。Contingent对此感到非常震惊，于是他们发出高级警报，要求部队收集有关这个事件的更多信息。可是最有价值的数据保存在飞行员的记忆库中，而飞行员则在太空飞船坠落之前被自动弹落到Alliance的控制地区。为此Contingent派出部队搜寻飞行员，并且将飞行员记忆库中的数据传送到最近的运营中心。

离开飞船，一路朝东北角走，避开敌人，找到救援队。与Drone交谈后将飞行员记忆库中的数据传送出去，然后接到新的任务：摧毁能量水晶，并且指引轨道炮炸毁坠落的飞船。能量水晶位于飞船东侧，敌人正在它的周围聚集。小心地前进到水晶前，让Drone将水晶摧毁，造成天气变化，然后来到坠毁的飞船前，让Drone指引轨道炮将其摧毁。这时Draw将军带着部队赶来，发现飞船已毁，于是立刻分派部队追击炸船的敌人。

第9关 Doctor Black

Zuzka自己也不明白为什么要将部队的命运交到8岁男孩的手中。可是事已至此，没有选择的余地。好在部队在男孩的帮助下穿过了Contingent的封锁线，来到了男孩居住的城镇中。Zuzka让男孩带他去见当地首领，而男孩则提出了一个条件，要求Zuzka带他去Alliance的地下基地。在城镇中，与男孩的姐姐Kate交谈，得知男孩叫Black，竟然是个小博士，具有很多特殊技能。在谈到城镇中的首领时，Black说首领不喜欢接见生人，他要先和首领打声招呼，然后将Zuzka介绍给他。首领所在的Ozziah Bar就在前面，Black找到他，请他收留Zuzka等人。可是首领说城镇已被Contingent控制，无法让Zuzka留在城中。如果Black和Kate想要跟随着Zuzka离开城镇，则必须先完成城西废墟中的裁缝所交给的任务。

从Ozziah Bar出来，Black带着Zuzka等人干掉路上的敌人，找到城西的裁缝。交谈后，他让Black到城北的古董商人那里去为Ozziah（首领）取一尊裸女雕像。可是当Black从古董商人那里将雕像带给Ozziah时，没想到他出尔反尔，并且投靠了Contingent，于是大家只好逃离城镇，从东侧的红色区域撤离战场。

第10关 Abandoned airfield

这次，Zuzka再次救出了小男孩Black。大家快速离开城镇后，Zuzka成功地与Alliance总部建立了无线电联系。总部指示Zuzka带领部队前往一个废弃的飞机场，那里是Alliance的物资仓库。一个特种兵正等在机棚中，他将告诉Zuzka下一步的行动。

来到飞机场，Zuzka带着部队向西前进，路上遇到一个侦察兵。交谈后得知特种兵在机场北侧。可是当部队赶到机场西北角时，听到特种兵大叫机场正遭到Contingent的猛烈攻击，让大家赶快疏散。Zuzka跑过去与特种兵交谈，特种兵交给Zuzka5颗炸药，让他将机场的5个物资点全部炸毁，以免被敌人获取。另外，特种兵还说机场上的防御武器已被设置成自动攻击，需要使用靠近控制塔的中央计算机来解除命令，否则自己人也会受到伤害。

带上特种兵安排的工程师，保护他来到机场北端的控制塔下面，操作中央电脑解除防御武器的自动攻击，同时消灭不断从机场四面杀过来的敌人。而后派部队分别将炸药安放在5个物资点上。这5个物资点分别位于特种兵所在飞机棚的对面、西侧飞机棚的对面、控制塔的旁边、战场的东南角以及机场中央直升飞机的旁边。将炸药安装好后，特种兵让大家迅速从直升飞机下面的秘密地下通道撤离，然后自己引爆炸药，炸毁了机场。

第11关 Train Sabotage

Alliance总部与一辆从山上带来饮用水物资的列车失去了联系。虽然机车成功脱逃了，但货车却留在了敌人手中。正好Zuzka的队伍靠近出事地点，统帅部命令他支援这个地区，守护物资，直到援军到达。从攻击方式来看，这次袭击行动明显是名为New Dawn的恐怖分子所为。这些恐怖分子使用与Alliance一样的装备，因此在对付他们时要灵活改变战术。

进入战场后，Zuzka带着部队向北走不多远便找到了火车。当Zuzka准备检查火车损伤情况时，大批恐怖分子从西面出现了。这时总部要求Zuzka坚守住阵地，直到援军到达。更糟糕的是，总部随后发来消息说，一批Contingent部队已从战场东面降落，他们正在寻找一个叫Richard Black的小男孩。这样一来，Zuzak将同时遭到恐怖分子和Contingent来自于东西两侧的双重攻击，情况非常危急。幸好Zuzak的部队身经百战，尽管有所伤亡，但最终顶住了敌人的攻击。在援军到达后，Zuzak跟随着他们前往Orkist基地。

第12关 Commander Meeting

Orkist是Alliance防御最为严密的基地之一，整个基地深藏于同名城市的废墟下面，只有少数人知道它的存在。当Zuzka到达Orkist时，一次高层秘密会议正在召开。会议集中讨论了两个关键问题——市民的抱怨和军队的士气低落。糟糕的居住条件让一些人上山加入了正在发展中的恐怖组织New Dawn。作为与New Dawn交战唯一能够生还的指挥官，Zuzka将参加这个会议，高级指挥官们正在等待着他的报告。

进入Orkist之后，Zuzka随着侦察兵来到城镇东南面的掩体中，接受DNA检测，以便进入地下基地。接着全体队员也分别从掩体以及城镇北面的市场和市场对面破房子中的地下室进入了地下基地。可是正在Zuzka准备参加会议时，Contingent发动了突袭。为了保证将军们安全疏散，Zuzka受命指挥地面部队抵挡敌人的攻击，在5个回合内不让敌人进入城镇中的建筑，直到援军到达。

敌人将分批从四面八方冲过来。让部队分别守在不同的建筑物前，尤其提防敌人高机动力的Runner，她们往往采用偷袭的方式钻入建筑物中。几个回合之后援军到达，帮助他们将城内的敌人全部清理干净，然后与援军指挥官交谈，得知将军们正在讨论与Contingent进行谈判，但是Alliance内部出了一些问题，而这次Orkist遭到攻击也不是巧合。最后，指挥官提到一个信使正等在城镇北面，Zuzka可从她那里了解到其他情况。与援军指挥官告别后，Zuzka来到城镇北面，找到了等在这里的信使，然后随她离开城镇。

第13关 Chasing the Traitor

Alliance部队的士气正在逐渐下降。在一些地区，大批士兵加入了恐怖组织，其中还包括很多高级官员。前不久，边境卫兵几乎成功地抓住一个叛逃者，但最后还是让他逃脱了。这个叛逃者知道Alliance的很多秘密，因此必须不惜任何代价将他抓住。当追踪叛逃者的特种兵降落后，他肯定叛徒就在这个区域的某个地方。向东走，发现大批敌人，而叛徒就在他们中间。这时Zuzka带着部队从西面赶来支援，大家一起追击向东逃窜的叛徒。将保护叛徒的敌人全部消灭后，特种兵抓住叛逃者。尽管叛徒百般狡辩，但最终还是被带回了军事法庭受审。 　　第14关 Three Sides

Alliance攻击一个疏于防御的Contingent营地已3个星期了。在此之前，Alliance对环境和敌人的情况进行了缜密的分析。按照计划，Alliance将以最小的伤亡获得战斗的胜利。然而人算不如天算，Alliance部队遭到了致命的打击。因为他们的敌人不仅是Contingent，还有New Dawn。恐怖分子的头领Hawk从Alliance统帅部那里获得了这次行动的消息，从而有计划地对Alliance和Contingent同时发动了攻击。

战斗开始后，大批恐怖分子从北面冲来。提防敌人的狙击手，他们的远距离攻击足以致命。将他们干掉后，进入北面的Old King房子，干掉里面的士兵，Zuzka发现下面有一个地下通道。没想到New Dawn竟然用Alliance对付Contingent的方法来对付Alliance。Contingent的部队在战场西面，在与恐怖分子的交战中，他们已损失了一部分兵力，但对他们也不可掉以轻心。将他们全部消灭后，Zuzka决定从那个地道直接进入恐怖分子的基地，并且先不向统帅部报告，以免泄露消息。

第15关 Terrorist Base

进入恐怖分子的基地后，Black感到非常害怕，建议赶快离开。而Zuzka则认为Draw将军的部队应该就在几英里之外的地方，等他们赶到后，便可将敌人的基地摧毁。这时士兵报告说地图显示战场西南面有一个无线电台，可与将军建立联系。而战场北面则有一些Alliance的侦察部队，因此整个北面地区都将是撤离战场的安全区域。接下来派部队赶到战场西南角，找到无线电台，然后将周围的士兵全部杀死，只留下工程师，让他通过无线电台与将军取得联络，将敌人基地的方位告诉将军。按照将军的指示，Zuzka需要带领部队赶到战场的北面，将军将派部队过来接应。不过在撤离之前，Zuzka决定先将敌人的物资仓库破坏。

物资仓库就在战场的中心地带，与敌人的总部大楼相对。将驻守在物资仓库中的敌人干掉后，Zuzka烧毁了里面的所有物资。随后Zuzka又将战场西南角的布雷器、战场东南角的自动水泵以及敌人总部大楼东侧的中央电脑炸毁。这时战场东侧出现了大批敌人援军，Zuzka眼见寡不敌众，急忙指挥部队赶到战场北侧的红色区域撤离。

第16关 Steel Heaven

将军的部队摧毁了New Dawn的基地，但并没有抓住恐怖分子首领Hawk。这个家伙是极其危险的，将给Alliance带来很大麻烦。为此，Zuzka正在想方设法追踪Hawk。

最近，从总部传来一个消息，Phleh基地的核反应堆爆炸了，造成了大面积的伤亡，其中包括工程师Dimitri。这不由得让Zuzka想起最后一次与Dimitri联络还是他身处Steel Heaven监狱的时候。在那里，Dimitri被一个名叫Azapon Vitu的特工询问，而那个人后来也被列进了叛逃者的名单。于是Zuzka决定前往Steel Heaven调查一番。

来到Steel Heaven，沿着大道一直向东走，路上遇到一个女人。向她打听Azapon Vitu，她说没听说过这个人，不过她提及很多逃亡的人都隐藏在这个村子里。继续向前走，在东面的居住区找到戴着红色头巾的Azapon Vitu。追问之下，原来他就是恐怖分子头目Hawk。交谈之中，Hawk提及“泰坦巨鸟”，而Black则非常想看一看这艘太空飞船。于是，Zuzka命令Hawk带领大家去寻找“泰坦巨鸟”。正当大家准备出发时，Steel Haven突然遭到了Contingent部队的袭击。敌人分别从西、南两端发动攻击。幸好村子中有一些驻军和防御工事，在他们的帮助下，Zuzka带领部队将敌人全部消灭，然后随着Hawk出发，前往“泰坦巨鸟”的所在地。

第17关 Flyaway

两天之后， Hawk带领着Zuzka穿过沙漠，来到一个废弃的军事基地。Zuzka从来没听说过这个地方，但当他看到远处的“泰坦巨鸟”后，不禁想起传言中提到有人曾投入大量资金进行一项太空计划，可将人类送上太空。有些人认为是美国人搞的，而有些人则认为是苏联人做的。不知道此刻自己所看到的太空飞船是否与那个太空计划有联系。这时Hawk提到他与两个朋友约定在此地会合，催促部队赶快朝太空飞船前进。进入西侧的限制区，小心这里的地雷。与分别从南北两侧赶来的Ozziah和飞行员见面后，大家一起来到飞船前。Black提出这个“泰坦巨鸟”并不是真正的太空飞船。Hawk被Black的说法激怒，开始向众人发动攻击。将他干掉后，大批Contingent在战场南侧出现。于是大家赶紧朝东北方向撤退，从红色区域撤离战场。

第18关 Secret Operation

在穿越时空的战斗中，尽管Contingent占据了明显的优势，但他们并没有预料到战争的长久性。在持续的战争压力下，Contingent犯下了严重的错误，而这个错误就是Desperado计划。先前，Contingent一直依靠S.P.E.T.部队来对付Alliance，这些机械战士不但威力强大，而且具有一定的战略头脑，是战场上极难对付的杀手。可是Contingent并不满足，他们随后又在S.P.E.T.的基础上设计出更为先进的秘密武器Desperado，让他们从事一些更为艰巨的任务。不过令Contingent没想到的是，Desperado的高度智能化使他们产生了自己的行动计划。在一次任务中，Desperado成功地攻击了Alliance控制地区的一个小型研究基地，只有3个科学家侥幸从基地中逃脱出来。不过Desperado已通过卫星锁定了科学家的行踪，可轻而易举地追上去将他们杀死。

从研究基地出来，Desperado根据卫星提示的方位先后追杀了两个科学家，但是他却留下了第3个科学家，让他给Draw将军带一个口信。这时Alliance的一支特种部队赶来救援研究基地，而Desperado已完成了自己的任务，迅速从东侧的红色区域撤离了战场。

第19关 Reunion

Desperado利用Contingent提供的机会深入到Alliance控制的地区，他计划在一座废弃的城市与Draw将军进行一次谈判。既然准备进行谈判，那么就不能再伤及Alliance的部队。这对于Desperado来说多少有一些困难。好在前方不远处有一个能量水晶，将其摧毁后引起风暴，降低了敌人的视野范围，有利于自己的潜行。

来到战场的南端后，与Draw将军交谈，双方似乎对战争的意义看法一致。不过Desperado提出还要对将军的部队进行一次考验，否则无法进行合作。这时Zuzka的部队在城镇北面出现，当他正准备与将军的部队会合时，大批敌人在战场东侧和西面出现。由于Desperado担心敌人认出自己，因此要求将军的部队将敌人全部消灭。经过一番激战，将军的部队干掉了所有敌人，并成功地守住了城镇中的总部、商店和银行。Desperado对此颇加赞许，不过他还是坚持要对将军的部队进行考验。

第20关 Test of Skills

将军接受了Desperado的考验，进行一场军旗争夺比赛。规则非常简单，双方部队分别在东西两侧守卫自己的军旗，同时还要尽力夺下敌人的军旗。最后成功守卫住自己军旗并且夺下敌人军旗的一方获胜。尽管这是一场考验性的比赛，但也是一场真刀实枪的较量。在比赛中，Desperado和将军都不参加战斗。这对于将军的部队来说减轻了很大的压力。在Zuzka的带领下，将军的部队以夺取对方的军旗为主要目标，并没有与敌人进行过多的纠缠，最终通过了Desperado的考验。

第21关 Desperado's Home

达成协议之后，Desperado提出将Contingent的技术与将军分享。将军接受了Desperado的邀请，与Zuzka和Black一起来到了Desperado的营地。

进入城市后，Desperado让大家朝西面的赌场前进，说那里存放着很多物资可供使用。可是当大家来到赌场门口时，大批敌人出现在城镇东侧。原来这是Desperado设计的一个陷阱，他要借助将军的部队消灭当地敌人首领Raffal。Zuzka对此非常愤怒，他让将军和Black以及Kate先随着Desperado进入旅馆下面的避难所，自己则带领着部队尽力抵挡敌人的攻击。

将Raffal杀死后，Zuzka赶紧进入了避难所。走在冰冷的水泥台阶上，Zuzka似乎感到每一步都隐藏着陷阱，而每一个黑暗的角落中都隐藏着一具死尸。在迷宫似的地下通道中转悠了一个小时后，Zuzka进入了第1个房间，同时身后的铁门突然关闭，一股麻醉气体喷放了出来。

等到Zuzka清醒之后，发现自己被Desperado带到了一个实验室中，四周的玻璃罐子里盛满了绿色的液体，液体中漂浮着“尸体”。突然，Zuzka发现一具“尸体”似乎还活着，尽管面貌已变形，但看起来似乎是Draw将军，正在忍受着极大的痛苦。此时Desperado得意地笑着告诉Zuzka，将军等人都是他的收藏品，将被做成干尸来收藏。至于Black——说着，他用钢锯割开了Zuzka的头颅——则要为他创造出全新的人类种族……