清理完毕，到大厅中央的电梯前破解密码，进到电梯里还要破解一次。电梯沿奇迹塔升到一定高度会停下来，不要由电梯门出去，而是往电梯顶跳上去。看到外面成群的守卫等着伏击电梯里的人，扔枚烟雾弹再跳下去清场。在瞭望台破解一道栅门，然后沿着高塔的外壁攀爬，遇到有长长的横杆，就走到它的末端回身往高处望，会发现挂钩索的地方。

来到上层平台进到塔楼内部破解密码，这道锁有多种密码组合，只有“MAINTE NANCE”是正确的。进到安全控制中心区域，这时扫描到六名武装守卫，通风道分别通往安全中心的室内和外部阳台，将守卫逐一清掉，然后破解大厅二层中央房间的密码锁，也是多重组合，正确密码是“GOTHAM SAVIOR”。

进去将斯特恩奇博士一脚踢飞，让先知将这里的程序中止。斯特恩奇仍然振振有词，说蝙蝠侠无法阻止他的计划，他会支配超出蝙蝠侠理解的力量。正说着，他被一把利刃刺杀，刺客联盟的拉斯登场，原来拉斯是斯特恩奇博士的幕后主使人，他现在放弃了博士，想和蝙蝠侠联手来清扫这个世界的污秽。

垂死的斯特恩奇博士说出“十一号协议”的口令，正是蝙蝠侠的姓氏，用它可以中止拉斯的“十号计划”。控制中心爆炸，蝙蝠侠和拉斯一起跃下奇迹塔，拉斯拒绝蝙蝠侠的救援，自尽而死。

蝙蝠侠将发生的事情向先知说明，大屏幕上出现小丑的影像，他劫持了塔莉亚，随时可能处决她，现在蝙蝠侠得尽快赶去找小丑夺取解药，并阻止他变成不死之身。