游戏从跟随Megan去见Sarif开始， Pitchard，到达Sarif的办公室后，突然出现实验室被入侵的警报。Sarif命令你乘他的电梯去查看状况，电梯密码是0451。下了电梯后走到一扇关闭的玻璃门前，看到几名研究人员被改造者杀死，进入旁边的房门四周燃烧的房间，搬开墙边的箱子进入通风管道，出来后继续前进来到一间大厅，遇到两名敌人，先熟悉一下操作。本作很重要的一环就是掩体模式，无论是潜行或是战斗都必须使用，在墙壁或或其它掩护物旁按鼠标右键进入掩体模式，再掩体中可进行盲射，如想精确瞄准则按前进或左右移动键探身射击，在掩体的边缘如果出现提示时，按按空格键可自动转移到其它掩体后。

杀死敌人后来到楼上大厅，同样解决其中的敌人进入走廊，看到保安和研究人员被一会隐身的女人杀死，通过研究员被杀后身后开启的玻璃门，进入大厅遇到多名敌人，解决后出门进入剧情。主角因受到改造者的攻击生命垂危，被进行了改造手术。

Sarf Under Siege

开始去找Pitchard维修调试视觉系统，然后去停机坪找Malik搭乘飞机，在飞机上得知一间公司被恐怖分子劫持，Sarif派你去拿回台风武器，并会询问你准备采取致命还是非致命手段，该选择将决定你的初始武器，武器又分为近程和远程两种类型，选择致命手段的近程武器为左轮手枪，远程为突击步枪，非致命手段则为电击枪和麻醉枪。如何选择看你偏好潜入风格还是强袭风格了

和SWAT的队长交谈后出门从屋顶顺着梯子爬下，直走左转会遇到一名敌人，潜行到其背后按Q可将其击昏或杀死，需要消耗一格能量，要注意的是如果较近范围内有其它敌人将其杀死的话会立刻引起他们的注意，而被击昏的敌人被发现后才会引起注意，杀伤性武器和非杀伤性武器效果同此。本作的玩法非常开放，除了直接与敌人交火之外同样鼓励潜入和隐蔽杀敌，例如解决首个敌人后你可以跳上下图中的集装箱，从梯子爬上房顶后进入通风口直接进入室内，当然也可以利用地形躲避敌人而潜入，以后的游戏进程中同样大量存在此类捷径。

解决或避开第一层的敌人仓库和走廊里的敌人后需要黑掉一扇安全门，打开进入装配大厅解决里面的敌人后上到对面的二楼的房间里关着被劫持的人质，进入后毒气炸弹会立刻开始倒数，你只有26秒的时间黑掉定时器，如果失败人质都会死亡，所以进房间前先存个档吧。

进入走廊后注意监视器，趁它转到其它方向时跑到监视器下方，等再次转向时离开，注意尸体或被击晕的敌人同样会被监视器发现，所以应该在它转回来之前拖到看不到的地方。经过走廊再次进入一座大厅，清除其中的敌人后乘电梯上到服务器室，建议从图中右侧的通风管道直接进入控制室，因为前面过道里有一台炮塔，进入控制室后发生剧情，过后从主控室上电梯，出电梯后解决其余的敌人会遇到挟持着人质的恐怖分子的头目Zeke Sanders，你可以选择杀了他（人质会死），放他走（人质也会死）和说服他放了人质，前两者基本没啥好处可捞，说服他的话以后。连续3次选择下面的对话选项就可以说服他，和人质对话后去找Malik返回Sarif工业，任务结束。

回去公司和Sarif对话后，他会让你去警局查看死去黑客的尸体以期找到更多袭击者的线索。来到警局，当要靠近进入的内部时会遭到阻拦，如想强制进入则整个警局都会进入敌对状态，和门边警卫是室里的你的老同事Wayne Haas对话。他因为两年前一次任务而对你耿耿于怀，拒绝让你进入，依照PLEAD - CRUSH - ABSOLVE - CRUSH（下-右-左-右）的对话顺序可以说服他让你进入。被允许进入警局后下到最底层的停尸间，搜索黑客的尸体拿到芯片，带着芯片回到自己的寓所，使用电脑分析后得知入侵公司系统的黑客另有其人