画面破碎，谢伊在数据的海洋中静止着。耳边响起女子的声音，嗔怪你到底做了什么，引起病毒的发作。

睁眼回到现代世界，身穿棕色皮夹克的黑妹说你刚才在Animus里边（玩过本系列的玩家并不陌生，这种终端机可以透过基因来追溯祖先的记忆）。现代中的主角是Abstergo Entertainment的职员，刚刚用终端机来体验谢伊的基因记忆。

黑妹解释说，刚才触发了某种病毒，使得谢伊的基因库出现状况，她要找主角的上司梅拉妮·乐梅汇报。拿着平板电脑跟着黑妹走，平板上显示当前目标的方向和距离，以及互动按键提示，相当于导航仪。

见过上司乐梅小/姐，也知道黑妹的名字叫维雷奥·达柯斯塔，她和奥托·柏格都是外聘的项目承包商。

乐梅让主角按维雷奥的吩咐去做，于是前往机房清除病毒程序。这个小游戏很简单，正中的球体分三个区域，每个圆环上有条光线，按LB或RB来切换圆环，将三条光线分别投射到三个不同的区域上去。

病毒清理完成！

在数据库中还找到“伯格的启示”，里面说阿尔·慕瓦林被刺客组织誉为伟大的导师，实际是一个贪婪而腐化的人，他和圣殿骑士处心积虑的要夺取伊甸的苹果，还利用最好的刺客阿泰尔来铲除共犯，将苹果据为己有。

尽管他不是圣殿骑士，但他的和平愿景更加符合圣殿骑士的理念。在过去，双方曾有过共同的目标，那就是和平，唯一的差别是如何去实现。

如果慕瓦林不被阿泰尔杀死的话，那么刺客兄弟会和圣殿骑士就不会如此对立了。双方的斗争激烈化，正是在阿泰尔以“自由意志”的全新理想改革兄弟会之后开始。

回到办公室，利用终端机继续探索谢伊的记忆。