回去不能乘电梯了，而是由尚恩的房间出去，直接走旋转楼梯上行。穿过玻璃通道，可以看到一些呆若木鸡的合成年人，他们都被关机了。

沿着旋转楼梯下行，返回到庭院，和伙伴们一起清理合成年人，一起进入先进系统的大门。消灭出现的合成年人，进入反应炉车间。

往右边是一条维护通道，左侧墙上有三只炮塔，逐只摧毁再前进。

控制室里有台终端机，解开它的话可以启动辐射净化系统，减少辐射量。同时还可以关闭炮塔。

进入车间消灭科学家和合成年人，登上平台打开反应炉的大门，将核脉冲炸弹放置到里面。然后和麦克森长老交谈，诸人被英格兰姆传送出去。

回到英格兰姆这边的房间，一个自称是尚恩的小男孩称呼主角为妈妈（爸爸），他真是尚恩还是合成年人呢?此时可选择带走他或者拒绝。

用传送机来到远处的建筑天台，主角按下了引爆器的按钮。轰隆一声巨响，火光烛天，整座学院化为废墟，连同它的逆天科技。