第三章：鳄龟

剧情：四兄弟跟随着脚帮的足迹来到了下水道，Leo早前放置在下水道的感应器发现了脚帮可疑的兄弟，也许他们打算在这里做疯狂的事情。Raph并不喜欢施耐德那小脑袋的疯子军队在他们四兄弟家周边搞破坏，保护总部现在成为了四兄弟的首要任务。

step1.首先是在下水道一层，要注意下水道分支道路非常多，要在多个路口寻找白石（漫画封面）否则容易错过。

沿路往标记往下箭头的地点走去，沿路会遇到疏于防范的脚帮忍者，用空中暗杀对付他们。

step2.穿过一个大型扇叶后会遇到黑忍者，要击败他们之后才能继续前进。

来到大型沙井盖前，需要集合4人的力量才能够将沙井盖掀开。

step3.来到负二层，很快就会去到巨大沙井前，这里会有白忍者、黑忍者守着，可是他们都不知道有闯入者，如果4人实力够高，可以一下子全暗杀掉。

然后协力打开沙井盖进入到下层。

step4.在负三层内首先要摧毁释放激光的UFO，然后打开巨型沙井盖就可以落到下层。

step5.负四层内部分河道是着火的，需要注意使用人行道来通过。

沿路的小兵可以无视继续前进，打开沙井够进入到下层。

step6.在负五层会发现4个炸弹，按住F键可以拆除它们，如果拆除的同伴树木越多，拆除的速度就越快。

接着打开巨型沙井盖落到最底层。

step7.在底层废墟会面对BOSS鳄龟，鳄龟的招数并不多，就是挥打、龟壳旋转冲撞，但最大的问题是黑暗，因为这里身处地底，而且乌龟们的电筒亦不起作用，从上层至透出些许的光线，所以要经常按E键使用T-眼镜来捕捉鳄龟的位置。

剧情：战斗到达一定时间后，鳄龟觉得很累想要睡觉，那么双方只好休战，鳄龟表示破坏此处的人并不是他，而是使用宇宙枪的脚帮，可是宇宙枪不是脚帮的惯用武器。

那么四兄弟只好回到家中与老鼠师傅商量，艾普丽和Don整理当前大家搜集到的资料以及警方的信息，得出结论就是施莱德和克朗结盟并且进行了这一系列的侵略行动。

听起来就像是外星物种要入侵地球一样，这次面对的敌人是四兄弟都未知的物种，所以行动会受到很大挑战。如今要做的就是找出施莱德和克朗的位置。