主线：黑旗行动-押送囚犯

注：在进行此任务将无法执行支线任务，请在此任务前完成所有支线。

剧情：战略指挥部已经批准了雷耶斯在日内瓦实施行动的提议。按照雷耶斯的计划，囚犯将会被亚松到UNSA总部。医疗队会从他体内将发信器移除。随后该装置将被焚毁。

惩戒号返回到地球，市区人群已经被疏散，可是echo车队已经遭到敌人袭击，而且瑞亚已经被救走。

step1.前往echo的囚车，发现只剩下一名少校，俘虏已经逃走了。

走出桥洞，外出探头要小心上方的敌人。

穿过一座建筑物的小园，会遭到埋伏。

step2.走到街上需要进入到左侧的自行车店铺内，这时候内进要当心大街上后续补充的敌人。

除掉所有敌人后才打开自行车店铺里面的门。

step3.进入到一个二层建筑物内，最好使用蜘蛛机械人去寻找敌人，因为他们有不少都是蹲在角落当中。

去到建筑物的三层可以对远处房顶的狙击手进行还击。

step4.来到教堂外围，这里会进行较漫长的战斗，在消防车处可以拿到弹药补给。

当雷耶斯走到教堂门前会出现两名敌人，可以朝该门投掷炸弹。

step5.从教堂外的建筑架登上二层窗户进入到教堂内，朝里面扎堆的敌人投掷手雷。

然后清理教堂内各层的敌人，在顶楼处就可以逮住瑞亚，可是他居然剖腹取出发信器并且摧毁它，这时候奥林匹斯山号出现在日内瓦的上空，并且摧毁了瑞恩斯所在的总部！