经过堆满箱子的狭长走廊，在光亮处往右转，攀梯子上到一个杂物间。由于这儿过于昏暗，因此在消灭完敌人后，打开OICW枪的夜视模式进行探索。左前方有一道双页门，虽然打不开，但它就是要去的地方;先往右前方走，转几个弯找到电梯，它现在启动不了。按电梯壁上的开关，打开壁顶的铁盖，由梯子爬到电梯顶，再攀着柱子和绳子一直上到顶，即回到了洞穴大厅的二楼平台。下至一楼，到那个铁架平台上，拨动杠杆开关，旁边的机械平台随即塌落，掉下去将下面的走廊棚砸开，同时也就砸开了杂物间左前方那道开不了的门!回到二楼平台，跳到柱子和绳子之间，索下去，返回到杂物间，找到砸落的地点，跳过裂缝，转几个弯进入研究所。 沿走廊杀过去。经过第一间研究室到丁字路口，左边道路通第二间研究室，其二楼的铁架走廊上有不少敌人，不过无法上去;右边的道路通第三间研究室，穿过它转左，到尽头撬开双页门，抵达一间小厅。这儿有多个出口，不过前方的通道发生了爆炸，路被堵死;右边的通道通第四间研究室，许多科学家被困在了里面，无门可进;因此，往左边上楼梯是唯一的选择。杀至走廊尽头，击碎左侧的窗户玻璃，跳到下方的研究室。中央房间有扇窗户被震开了，由它跳进去，拨动转轮开关并马上出来，里面将喷发蒸汽、涨起洪水，当水蓄满时即冲破门，往下冲涮过去，熄灭了正对着门的那堆废墟里的火焰。钻、跳、爬过那堆废墟，在走廊转个弯，即来到了第二间研究室的二楼走廊上。从出口出去，前行不远即抵达核心实验室区。 此时主电源恢复供应，四周明亮了起来。前方就是一号实验室，不过暂时需去找炸药。往右走到一间洞穴厅，在铁架平台上操作杠杆开关，悬浮电轨上送来的第二个平台上就有所需的炸药。取之回到一号实验室，在左前方核心部件(类似某种管道)上安放炸药，迅速跑开，爆炸之后将出现不少敌人。之后每炸毁一个实验室的核心部件，都是如此。穿过炸开的大洞，往右杀过走廊，下到二号实验室实施爆炸。之后原路返回，途中注意左边的窗户，在可以俯视到二号实验室的地段，可发现有截窗户被炸开了，从这穿过去，沿突出的管道绕到对面，打碎墙壁上的一块板，趴下钻过(按V键)。另一端的走廊是个死胡同，亦打碎墙角的木板，钻过去即是三号实验室。炸毁其核心部件，从旁边开着的门出去，绕至尽头，拨墙侧的机关打开铁门。 　　来到四号实验室外厅，在控制间拨开关打开一道双页门，进去再拨开关打开铁门，通过它即抵达四号实验大厅的二楼。一楼大厅的两个开关均是用来开启通往核心装置所处的小房间的门，随便按哪个都行;另外，首先需去控制室拨开关解开核心部位的保护装置，之后才能炸毁它。回到二楼走廊，由栏杆跳上那个在上下浮动着的横梁，行至贴近天花板的通风管道，钻进去，在空隙里穿行。随着天花板的断裂，Mullins掉落到房间中，击毙几名守卫，终于找到Seatrogor博士。他透露出恐怖组织的头目是Alexei Nachrade，为了赚钱而阴谋毒害参加在瑞士举行的世界经济会议的领导人。马上和他一起离开，出门消灭下方的守卫后，两人交流一番，认为难以从正门闯出去。就在这个楼梯口上有个控制开关，拨动它招来一个移动平台。两人进去，乘它顺利离开了敌基地。沿途虽有敌兵拦截，但容易对付。 2002年11月21日，瑞士伯尔尼机场 　　虽然Mullins已将情报汇报给了“商店”，但是官方未能采取有效防范措施，导致恐怖组织武装占据了瑞士的机场，并抓有不少人质。Mullins飞抵机场，通过与警官简短交谈了解了概况。立刻行动，穿过旁门，在传送梯处即开始遭遇敌人。上至大厅，在与敌作战的同时，切不可误杀人质，否则game over。由于敌人都穿有防弹衣，因此基本总能保持较高的盔甲防护。清除一楼和二楼的敌人(包括厕所里的)，在二楼走廊的尽头地面上捡得一张红色卡片，用它打开一楼的铁栅栏门，然后杀到尽头。经过数间商业休闲厅，在挂有GATE的走廊口收到警官的警告。前方走廊里的战斗难度提高，尤其是要提防两侧的狭窄通道里冒出敌人。在通道的尽头，一个柜台后面聚集着众多敌人，最要命的是有名人质被困在了柜台后面无法逃跑，很容易误伤到她，因此此处需尽量将敌人引诱出来打击。肃清后，走右边的狭窄通道。

顺走廊杀下去，在第二间房跳上右侧的传送带，蹲下随传送带抵达远处一厅。撬开二楼的门并马上避开，提防敌人的炸弹。冲到设备仪器间，这儿的敌人不少，由梯子爬上隔层，在其尽头击爆小隔间里的气罐，炸开旁边的铁网盖，从口子落到一层铁架上，再撬开小铁网门，顺着铁架走廊过去，到尽头落入房间。经过走廊来到外景地的货运区。集装箱的缝隙中埋伏着不少敌人，穿过它即抵达飞机场停机坪。从左边的登机架上至飞机左翼，贴着机身边缘，跳到停靠在机身后舱门旁边的架子上，撬开门，进入飞机。攀梯子进入电气设备区，再往上才到客舱。无论是前舱还是后舱，敌人数目都很多，而且清理过的区域也总是冒出新的敌人。在后舱的桌上捡得一张红色卡片，有了它才可打开前舱那道由红色按钮开关控制的小门。Mullins终于与恐怖组织的头目Nachrade面对面了。对质中，Nachrade说出恐怖分子将在内应的帮助下袭击“商店”，其态度之狂妄令Mullins愤而击毙之。进入驾驶舱，与总部官员通上话，但是在将重要情报报告的同时，对方已遭遇了不测。下至电器设备舱，往前舱的方向走，绕过电气设备板(不容易发现)，进入主机室，剪断主机顶部的某个线路，再去机尾。在右侧拿到降落伞，纵身跳下。 2002年11月22日，纽约“商店” 　　Mullins赶到“商店”，这儿已漆黑一团。恐怖分子就是穿着黑衣服作战，令作战相当辛苦，多用诱敌战术分批歼灭。在确认没有敌人的情况下，打开OICW枪的夜视模式查看周围环境，此时即便遇上单个敌人也可一枪毙之。好在这已是第三次到此，轻车熟路，笔直往前杀过去，至尽头乘电梯上二楼。在岔路口往右走，沿着以前去见情报官员的那条路推进，注意身后清理过的区域并不一定安全。到了密室外，发现其入口已被破坏，于是继续沿走廊前进，绕到废墟挡路的明亮处，乘这儿的电梯下到一楼。此区有点光亮，不那么难打了。前行至丁字路口，小心有敌从前方的实验室里开火;往右穿过门，转左进入第二间实验室，从其右侧绕出去，到一岔路口。右边被桌椅等废墟挡住，稍后需经过这里;先往左绕到第一间实验室，从蓝色门出去，在下一间实验室终于发现了“商店”的奸细是助理情报主管Wilson，他用一瓶病毒卡住了Sestrogor博士。交谈之中得知，冷战结束后，他无法通过在两方玩弄权术来获利，于是组建了那个恐怖组织，依靠Sestrogor博士制造生化武器，阴谋将世界重新拉入冷战，这样他就能富有得象上帝一样，要不是因为Mullins的超人表现……越说越气的Wilson砸碎瓶子，转身离去，Sestrogor博士随即身亡。 　　原路返回到走廊上被桌椅废墟挡住的地方，跳过去，乘电梯升到商店顶层。Wilson已坐在一架灰白色的双翼螺旋直升机里，和医院屋顶上的那个类似，不过它能够发射杀伤力非常强的火箭弹，作为补偿，也比较容易避开它，其速度和雷神3里的火箭弹差不多。对付直升机的策略仍然是打其两侧的引擎，只要射击精确，是比较容易将其打着火的。对抗过程中，它会投几个士兵下来助战，不过倒不难收拾。最后一点，自己不要用火箭筒来打直升机，没希望打中的。在它两个机翼都着火后，其攻击力和灵活性大减，将其机身打爆，目送Wilson的灭亡……。不过，恐怖主义的威胁并没有完全消除(要不哪来续集呢)，就在为Taylor举行葬礼的仪式后，汽车的广播里报道：在东欧发现了异样的病毒