DISK3OPEN

在ダガ-还有3天就成为アレクサンドリア新女王的时候，ビビ在酒馆里找到了主角，但主角好象没有精神，双手伏在桌上不想理任何人。从酒店老板口中得知主角的朋友往“小剧场”方向去了，ビビ只好自己前往。在这里发生几段A.T.E。

画面切到ダガ-这里，ダガ-对スタイナ-说想见主角，但スタイナ-认为ダガ-和主角是生活在两个完全不同世界的人......这时トット先生进来交给ダガ-她以前失去的召唤兽。在トット先生下楼时看到头上张角的エ-コ，感觉似曾相识...最后トット先生终于想起来在ダガ-小时候她父亲曾经吩咐自己把ダガ-头上的角去掉，但今天这个头上长角的小女孩又是谁呢......?这时ベアトリクス给ダガ-更完衣，穿上礼服的ダガ-显得比平时漂亮许多。由于受到ダガ-的委托，エ-コ送一封信给主角，但走到半路被盗贼团团长不小心撞飞并被挂在楼梯上，信落了下来，于是エ-コ委托盗贼团长把信交给主角，盗贼团长答应后，向酒馆方向走去。半路上遇到スタイナ-...两人斗完嘴后，盗贼团长不小心把信掉在地上，但并没有发觉......这时ベアトリクス听到刚才スタイナ-和人大声吵架所以来看个究竟，等她赶到时スタイナ-已经离开，ベアトリクス无意中看到掉在地上的信，心想这是スタイナ-掉落的东西吗?打开信后，里面写到：今晚我在船场等你来...。看完信后ベアトリクス心理想：这...难道是スタイナ-写给我的情书......?

盗贼团的一行人回到酒馆后，叫主角去参加ダガ-的加冕仪式，(盗贼团长把送信这件事忘了个干净)正在这里闷闷不乐的主角没有心情去，这时ビビ进来邀请主角一起去给ダガ-加油......主角只好和ビビ一起前往。之后发生A.T.E。先在这里四处逛逛，合成一些新武器，玩玩卡片什么的，当主角来到城市上方的港口时看到サラマンダ-和フライヤ正要大打出手，于是马上出手制止。众人寒暄了几句，ビビ说现在ダガ-可能很想见你，于是众人坐船去探望ダガ-，刚到门口看到スタイナ-把エ-コ拎出城堡，エ-コ看到主角后委屈的向主角诉苦...于是斗嘴再次开始...之后众人来到城堡里等候ダガ-的接见。看到穿礼服的ダガ-后众人都称赞她很漂亮，但主角什么也没说只是默默的看着ダガ-。ダガ-见到主角后不知道该说什么，沉默了许久吩咐スタイナ-：“我们走吧”。这时エ-コ叫住ダガ-说为什么不下来和大家说话，ダガ-说：“为了这个世界的和平，他有更重要的事要作，和大家一起冒险的事我一生也不会忘记的”。之后头也不回的走了。这时ビビ问主角为什么不和ダガ-说话?主角说：“我，我不知道该说什么......难道要我说，加油!ダガ-吗?我说不出口”。

エ-コ来到港口心想：难道主角心里没有ダガ-吗，可是那封信写的真不错，为什么他没有反应呢?他真是个傻瓜傻瓜傻瓜傻瓜傻瓜......。这时盗贼团的人来到这里，エ-コ赶急忙起来。盗贼团的人边走边聊什么情书的事，刚谈到一半スタイナ-来到这里巡视，于是他们也藏起来，但那封情书掉在了地上......スタイナ-无意中看到地上的信，捡起来看了一下，内容和ベアトリクス看到的一样，于是立刻紧张起来，这封没有署名的信是谁掉的呢?难道说事先知道我要来这里而故意留下的?スタイナ-心里立刻感到热血沸腾......这时ベアトリクス走过来，看到スタイナ-拿着信正在看，于是好奇的走过去...スタイナ-看到ベアトリクス后害羞的说：“难道是你?”这时ベアトリクス也会意的走过去，两人......藏在后面看热闹的3个人感到很有意思，于是更加聚精会神的欣赏。接着，两人越走越近......刚要......这时盗贼团长来这里找自己掉的那封信，スタイナ-和ベアトリクス立刻装成什么也没发生的样子......エ-コ赶紧趁机离开。回到酒馆后，トット先生来探望エ-コ，希望エ-コ能到自己的故乡“トレノ”做客，这时主角回来和众人说“トレノ”正在举办卡片游戏大会，大家一起去看看热闹吧。这时トット先生表示自己可以给大家带路，于是众人决定前往“トレノ”。之后发生A.T.E。

一行人乘坐巨虫来到“トレノ”后，得知今天是比赛报名的最后一天。于是主角前往报名处报名...之后发生几段A.T.E。在这里，可以先随便逛逛，把之前得到的“星宫的道具”拿去交换道具，或去拍卖馆买些道具(可以在这里用高价买到召唤“奥丁”的道具)。最后主角来到报名处，并参加比赛，当连胜两场后最好去SAVE一下，之后发生几段A.T.E。最后进行决赛，胜利后得到道具“轉生の指輪”，(这个道具非常珍贵，可以修得复生特技，应尽快修炼!)之后见到シド大公，得知新型飞空艇已经可以试飞......话还没说完エ-コ急忙跑过来说大事不好，“アレクサンドリア”被怪兽袭击了。

画面转到アレクサンドリア城，クジャ操纵召唤兽巴哈姆特袭击了这里，整个城市陷入一片火海中......这时ベアトリクス找到ダガ-，ダガ-让她集合部队准备迎击。当分配完作战人员后，自己却晕到在地上。スタイナ-和ベアトリクス两人并肩作战击退了许多怪物，让市民们顺利的逃离。当ダガ-醒来后听到有歌声，于是一口气跑到楼上，这时出现了一个奇怪的城堡，ダガ-向城堡跑去......这时在飞空艇上的エ-コ和ダガ-发生了共鸣，接着，エ-コ从飞空艇跳了下去，两人合力成功的召唤了传说中的召唤兽：亚利山大，亚利山大拥有一双巨大的白色翅膀，在用翅膀防御了巴哈姆特的进攻后，漂亮的退败龙王巴哈姆特。看到此状况后クジャ故技重施召唤了空中的战舰，想收服传说中的召唤兽圣亚利山大，从交谈中得知クジャ和主角好象有某种渊源......

当主角赶到“アレクサンドリア”时发现ダガ-不在城里，于是主角去急忙去寻找ダガ-和エ-コ的下落，在这里可以先SAVE一下，然后去图书馆再次挑战那本魔书，并可从它身上偷到“エ-テル”、“エリクサ-”、“银のフォ-ク”、“デモンズメイル”。之后主角顺着ダガ-刚才走过的路来到城堡顶部。这时クジャ召唤的空中战舰发出巨大的光束将亚利山大粉碎......还好主角及时赶到救下了ダガ-和エ-コ，在他们乘着绳索逃脱时ダガ-紧紧的抱住主角，在绳索上面的エ-コ表情很奇怪...

在正在重建的リンドブルム城里，シド大公亲自指挥大家工作，整个重建工程进行的非常顺利......主角醒来后发现自己躺在リンドブルム城的宿屋里，但ダガ-和エ-コ不知去了哪里。打开附近的宝箱可以到一些防具，当主角看见盗贼团的ブランク时，第一件事就问ダガ-在哪里(这里也可以选第二项，“我怎么会在这里”)，当得知ダガ-在了望塔时，头也不回的奔向了望塔。在了望搭主角突然不知道该说什么，只是安慰了ダガ-一下。接着去会见シド大公，在会客室众人看到主角平安无事都松了口气。见到シド大公后，エ-コ问主角怎么没看到ダガ-?主角告诉她ダガ-在了望塔，于是エ-コ急忙赶去。后发生A.T.E。

众人在谈论最近被袭击的城市的时，认为一定和クジャ有关系，之后发生A.T.E。エ-コ回到会议室后，会议暂时结束，接着主角去宿屋找ダガ-。众人在宿屋找到ダガ-，安慰她别再为最近发生的事伤心了。如果要找クジャ，需要有飞空艇的帮助，所以需要シド大公的帮助，但シド大公现在被变成ブリ虫的样子无法帮助大家，如果要变回原形需要找3种药材调配成药品，于是主角出发寻找这3种药材。在城里仔细调查可以得到很多珍贵的道具，比如“星宫的道具等”(宝箱位置和リンドブルム被摧毁前一样。)一定要拿到。在城里可以打听到有关药材的情报。在剧场街从盗贼团的“シナ”手中获得第1种药材;接着在商业区从“アリス”手中得到第2种药材;最后经过多人提供的线索返回剧场街在车站右下方的小屋里仔细探索后得到第3种药材。之后回到王城，但这3种药材调配成的药品不但并没有把シド大公变回原形，反而让シド大公变成青蛙的样子(有种不详的预感......)。

第二天召开作战会议时决定用从“アレクサンドリア”脱出时的那艘船先去找クジャ的线索，于是ビビ建议大家先去“黑魔导士の村”，众人整备完后乘电梯来到最下层，向水龙の门方向出发，之后众人来到船上。这时发现クイナ也在船上，之后シド大公也赶到与大家同行，クイナ眼也不眨的看着シド大公......

到达“黑魔导士の村”后发现村里没人，于是ビビ离开队伍去调查情况，当来到村子深处时，看到ビビ和黑魔导师228号在一起。原来村里其他的魔导师全被クジャ带走了，只留下他和路行鸟，于是ビビ来到之前放路行鸟卵的屋子门口，这时主角也赶到，原来那个路行鸟卵已经孵化出小路行鸟了。在ビビ与黑魔导师228号的对话中得知在这块大陆的东侧藏有一个クジャ的住所。

坐船来到东部大陆后,一直向北走，当走到有四个沙漠旋涡的地方，每个都调查一遍，这样就可以进入クジャ的住所。没想到这是クジャ设置的陷阱，他早就知道主角会来......主角醒来后发现自己和シド大公被关在一个陌生的房间里，主角问其他人的下落时シド大公告诉主角其他人应该很安全。这时传来クジャ的声音：“我们又见面了...”主角说：“你这混蛋!把其他人关在哪里了?”クジャ告诉主角他的同伴被关在和他同样的房间......并且还拿他们的性命威胁主角和自己合作。为了保护同伴，主角只好暂时答应了クジャ的要求，于是主角和シド大公被放了出来，出来后主角看到周围有许多类似的房间，可以肯定ダガ-她们也被关在里面。主角让シド大公留在监狱门口，自己一个人来到クジャ面前。クジャ拿众人的性命要挟主角去一个地方。那个地方名叫“ウイユヴェ-ル”，并让主角去那里带一块叫“グルグスト-ン”的魔石回来，并且允许主角带3个帮手一起去(在这里最好选择3个攻击力较高的角色)。为同伴的性命着想，只好答应，之后主角4人被传送到飞空艇附近，主角发现这艘飞空艇就是シド大公开发的新型飞空艇试作1号机，接着4人乘坐飞空艇向“ウイユヴェ-ル”飞去。

下飞空艇后一直向南走，可以到达目的地“グルグスト-ン”，进村后可以先向MOG购买武器，并SAVE一下。之后进入“グルグスト-ン”内部，在这里先走上方，打开一个白色机，需要注意的是，之后我方所有魔法将无法使用。接着返回大厅往左走看到一个奇怪的机关，主角走近后机关打开，上面记载了一些文字，好象只有主角可以看懂上面的文字。之后从这里向下走，这里有4个机关需要按照一定顺序才能打开：先打开二楼左侧的机关，然后打开右侧的机关，再打开楼下右侧的机关，最后打开左侧的机关。回到刚才出现文字的房间，在这里正上放的门目前无法进入，于是走右上方的门，进入后一直往前走来到一个奇怪机器面前，通过它了解到一些クジャ他们种族的一些情报，这个种族以前有着高度的文明，但发展到顶端逐渐走向了衰败......而攻击亚历山大的那艘巨大战舰就是这个种族制造的“インビンシブル”飞船的改良型。最后再次回到出现文字的房间走正上方的门。进入后，在这里得到有关这个种族更多的情报：他们的文明发展到最顶峰时，接着的就是衰败，这是世间万物发展的真理，他们也想过许多办法，但没有成功，最后决定让自己暂时沉睡，等待这个世界重新恢复文明......ダガ-对主角能看懂那些奇怪的文字感到很奇怪，但主角也不知道为什么。回到大厅向右走，乘坐圆盘来到最下部，在这里看到クジャ提到的那块魔石“グルグスト-ン”，接下来BOSS战，可从BOSS身上偷到“エリクサ-”、“力だすき”、“ホ-リ-ランス(フライヤ专用武器，一定要偷到。)”，胜利后得到クジャ要的魔石“グルグスト-ン”。

画面转到关押主角同伴的牢房里，クジャ说：“如果在沙钟漏完之前，主角没有回来你们就死定了，哈哈哈哈......”接下来シド大公去偷钥匙，这里有一个迷你游戏，要点是在怪物回头前按圆圈键前进，最后得到钥，然后在选择砝码时选第四项，之后，众人从牢房里脱出。脱出后可以先去刚才シド大公偷钥匙的那个房间SAVE，然后往左走进入クジャ住所的内部，调查两边的雕像可得到一个道具(以后还有类似的机关)，之后继续前进。这个迷宫的要点就是用火打开机关，打开特定的机关后会有新的路出现。当众人来到有左右两个平台的地方时，需要按照左侧墙壁的提示：正义的影子追赶邪恶的影子，于是在右侧平台把右侧的蜡烛点亮，然后去左侧平台把右侧的蜡烛点亮，这样会出现通路，上去后会发生BOSS战，所以最好先回去SAVE一下。胜利后打开最后的机关乘传送装置脱出。

这时主角们带着クジャ要的魔石“グルグスト-ン”回来换人，从传送点回クジャ的房间后发现没人，这时传来クジャ的声音，让主角一人带着魔石来见他。就在这时，已经脱出的同伴来到这里阻止主角，但是最后赶到的エ-コ被ゾ-ン和ソ-ン抓住。クジャ在众人慌乱时夺走了“グルグスト-ン”，之后用传送魔法逃走。于是主角急忙向飞空艇方向出发，但还是晚了一步。于是众人只好坐船追赶クジャ......途中シド大公了分析为什么クジャ要抓エ-コ，很有可能是为了要得到召唤兽的力量，而且下一个目标很可能就是ダガ-......坐船到达地图西北方的“忘却的大陆”后，往西走来到“エスト·ガザ”在这里从司祭口中得知エ-コ和那些黑魔导师往“グルグ火山”方向去了。主角在这里先整备一下，之后从村子上方的路一直右行来到“グルグ火山”(题外话：这里值得一提的是，本地的BGM(背景音乐)就是FF1中“巨人山洞”的背景音乐，令作者十分感动!)，在这里可以先四处转转仔细调查可以得到一些道具和下面井口左侧的机关开动顺序的提示。

从上面的井口处顺着绳子来到下层，出现岔路。先左侧的路，到达尽头后遇上一只怪鸟，击败后回到岔路口再走右侧的路，后又遇到刚才的怪鸟，击败后再次回到岔路后处启动井口旁边的机关。根据刚才搜集到的情报，连续选3次第二项(向下摇把手)，顺着绳子来到最下部，这次又遇上了之前的那只怪鸟。将它干掉后继续前进看到ゾ-ン和ソ-ン把エ-コ放在抽取召唤兽的魔法阵中，于是主角急忙赶去营救。这时ゾ-ン和ソ-ン又一次抽取召唤兽失败......但他们不知道为什么会这样。当ゾ-ン和ソ-ン再次准备从エ-コ身上抽取召唤兽时，藏在エ-コ身上的MOG出来保护エ-コ，原来因为MOG有保护，所以ゾ-ン和ソ-ン才无法从エ-コ身上抽取召唤兽，之后与ゾ-ン和ソ-ン发生战斗，MOG化为召唤兽击败了ゾ-ン和ソ-ン，后得到召唤兽的道具“リボン(这个召唤兽很强，应尽快修炼)”。之后クジャ出现，主角质问他真正的目的到底是什么?クジャ轻蔑的说：你们没有必要知道......以你们现在的实力根本没有资格和我斗，这对双胞胎兄弟就足够了，哈哈哈....”说完后离开了这里。这时ビビ冒失的追过去想要问在黑魔导士之村的那些黑魔导士现在的下落。主角刚要制止，ゾ-ン和ソ-ン站起来并合体成一个强大的怪物，之后BOSS战。可从BOSS身上偷到：“ワクチン”、“金の髮飾”、“魔人の胸当”。胜利后ビビ回来说其他黑魔导师被クジャ带走了......这时有一位女性询问クジャ去哪里了，当得知クジャ已经逃走后十分感谢主角，这时这位女性认出了ダガ-，说以前见过面。这时シド大公赶来，认出了她就是自己失散很久的妻子ヒルダ。

众人返回リンドブルム城后，ヒルダ向シド大公讲了有关クジャ的的事，クジャ为了夺取飞空艇而诱拐了自己......之后ヒルダ把シド大公变回了人形。夫妻团聚后シド决定尽快完成新型的飞空艇3号机...

第2天早上，主角被卫兵叫醒并抱怨卫兵吵醒了自己的好梦，后得知ヒルダ在会议室要召见自己，于是前往会议室...来到会议室看到シド大公变回人形后感到十分惊讶，这时スタイナ-发现ダガ-不在，于是一个人去城里找ダガ-。之后ヒルダ向大家介绍了クジャ的事情，说自己和クジャ并不是这个世界的人，是住在名叫“ガイア”的世界，クジャ把自己出生的地方叫“テラ”......之后发生A.T.E。ヒルダ接着说：“テラ”在这个世界叫做“輝く島”，但是只是到达“輝く島”的话是去不了“テラ”的，在两个世界交接的地方被封印着，如果能打开封印，就可以到达クジャ居住的那个世界。这时主角问那个封印点在哪里?ヒルダ告诉大家在地图西北“忘却的大陆”上有一座“イプセンの古城”......之后发生A.T.E。于是众人决定前往“イプセンの古城”...这时サラマンダ-说：“以我们现在的实力，根本无法和クジャ抗衡啊”，ビビ说：“但是我们绝对不能放过クジャ那个坏蛋!”......主角说，但是我们如何到达“イプセンの古城”呢?目前没有飞空艇可以使用，只能等新型3号机完成了...在众人讨论如何去“イプセンの古城”时，スタイナ-回来焦急的对主角说在城里没有找到ダガ-，于是主角说等我一会儿，之后一人去找ダガ-......

来到アレクサンドリア城，主角遇到了盗贼团长和ベアトリクス。ベアトリクス告诉主角，如果ダガ-来到アレクサンドリア城一定会去一个地方......并交把一颗以ダガ-命名的宝石交给主角，之后主角在ブラネ的墓前找到了ダガ-，主角上气不接下气的说“ダガ-，总算找到你了!”这时ダガ-回头深情的叫着主角的名字，使主角稍微有点不知所从。ダガ-说自从ブラネ去世后，作为这个国家的女王没有进到保护国家的义务，已经没有资格再保护这个国家了。之后主角安慰了ダガ-，并把宝石交给她(得到巴哈姆特召唤兽)，使她重新振作起来......这时ダガ-拿过主角的匕首，用诡异的表情对主角说：“今天我决定了一件事呢!”这句话搞的主角有点摸不着头脑......(女孩的心思还真是难懂...)之后ダガ-来到港口，用主角的匕首把自己的长发割成两截，飘在在空中的断发轻轻的飞舞着...短发的ダガ-显得更加美丽，主角在那里痴痴的看着ダガ-......(DISK3前半完)

DISK3后半

(接DISK3前半)

众人乘上新型飞空艇向“イプセンの古城”飞去。在飞空艇上，当众人看到短发的ダガ-后非常吃惊，聊了半天ダガ-短发的事......(进入飞空艇内部有一个们需要钥匙打开，暂时无法打开)在地图左上被众山环绕的地方找到“イプセンの古城”。其实在进入前可以先在世界各地转转，比如去地图西南大陆的“ダゲレオ”，在这里可以买到强力武器，合成强力道具(有携带究级白魔法和黑魔法的道具)，得到一个“星宫的道具”。或者去リンドブルム，在拍卖场买到“盗贼的护腕”(作用是偷到更好的道具)......

进入“イプセンの古城”后，サラマンダ-表示自己先进去看看情况，这时有2个选项。一个是让他去另一个是不让。选择第一项，于是サラマンダ-先进入，之后主角们也相继进入。进入后在右侧石柱后发现“星宫的道具”。(注：在吊灯上的宝箱需要从SAVE点右上方隐藏的陷阱落下后得到，作用是让圣属性的攻击威力提升)在经过许多梯子后来到封印地点，这时サラマンダ-提前到达，说完话后离开，主角先不要拿墙上的镜子，先出门调查墙下方墙壁，之后从隐藏门处返回SAVE一下，之后再回到封印点。当众人把墙上的几个镜子拿走后发生BOSS战，可以从BOSS身上偷到“エリクサ-”、“ミスリルクロ-(サラマンダ-的武器威力一般)”、“オリハルコン(主角的武器，威力极大一定要偷到!)”。胜利后返回刚进入“イプセンの古城”的地方，走中间的门经过走廊和升降机来到一间有巨大宝剑的房间。在这里，玩家需要把里面的罐子放在左上和右上的台子上，之后(可得到一个道具，让暗属性的攻击威力提升)。

主角3人从“イプセンの古城”出来后，问其他同伴サラマンダ-去了哪里?可是他们没看到サラマンダ-从里面出来，于是主角一个人返回城里去找サラマンダ-。见到サラマンダ-后两人交谈了几句，之后一起回到外面和同伴会合。在这里总结了在“イプセンの古城”得到的情报：在古城最上部房间里的世界地图，每个地方都一块镜子相对应。第一面镜子在地图右上角表示，注解写到“我的力量是靠震动的大地守护着”、第二面镜子在地图下方偏左的位置表示：注解写到“我的力量是靠强大的风守护着”、第三面镜子在地图左上大陆表示：注解写到“我的力量是靠炎热的岩浆守护着”、最后一面镜子在地图作侧表示：注解写到“我的力量是靠大地环绕着的水底守护着”。还有那个BOSS临死前说的“一个(次)既是全部，全部既是一个(次)”。

众人返回飞空艇后，按照“イプセンの古城”里的提示开始出发解开各个封印。首先来到“イプセンの古城”南边的“水の祠”在这里解开封印的任务交给エ-コ和ダガ-;之后前往地图左上的“火の祠”在这里解开封印的任务交给サラマンダ-和フライヤ;再前往地图下方偏左的“风の祠”这里交给スタイナ-和ビビ;最后去地图右上的“地の祠”这里主角和クイナ一起行动。经过一系列的陷阱来到最深部，放置好解开封印用的镜子后，出现守护封印的怪物.......之后BOSS战，可以从BOSS身上偷到“ラバ-コンシャス(女性用防具)”、“アベンジャ-(サラマンダ-用武器，威力很大，一定要偷到)”

解除4个封印后，众人来到地图西北的冰山附近，进入“輝く島”。由于封印被解开，主角等人被送到ヒルダ提到的“テラ”。在这里遇到了之前在摧毁召唤兽“亚历山大”时飞船上的那位神秘老人，主角上来就出言不逊，那位老人显然很不高兴和主角谈了几句后就用转移魔法离开了。之后主角向“テラ”深处走去......，半路上遇到一位奇怪的女孩，当女孩看到主角后急忙离开，于是大家好奇的跟着那个女孩。当走到通路尽头，继续向下走又看到那个女孩，于是众人上前搭话，迷之女孩说，看来你们什么也不知道呢!但跟我走就会明白了......于是众人跟着那个女孩来到一个奇怪的场所，那里的一切好象都是人工制造的......这时ダガ-看到天上的战舰后好象回忆起了什么，突然晕了过去......

背静传来女孩的声音：你什么也不知道......为什么而生......为什么而存在............你什么也不知道......

主角顺着刚才那位迷之女孩走的路来到这里的村子，在村里主角看到所有人都和自己一样：黄色头发而且还长的尾巴。找到宿屋后把ダガ-安顿好，这时エ-コ为了让ダガ-醒过来，在村里到处询问哪里有药店，这时遇上了刚才那位迷之少女。迷之少女告诉エ-コ一会儿她会在研究所等主角，说完后一个人向研究所走去...这时在宿屋里的ダガ-醒过来并对大家说：我想起来了，在现时世界被袭击的城市和村庄都是由刚才那艘战舰造成的，而那巨大的眼睛就是那艘战舰的武器，巴哈姆特和亚历山大就是用它破坏控制和破坏的!......这时エ-コ回来告诉众人那个迷之少女在研究所等大家，在这里可以先去村子右方的房间SAVE一下。

来到研究所后，见到这里有一些培养容器，一些和自己一样的人躺在容器里接受科学者的测试。和那位迷之少女交谈后得知这里的人是一个名叫“ジェノム”的种族，出生时没有意识，需要人工输入智慧，不同的人所具有的“器”也不同，“器”容量的高低衡量着他们的优劣。但主角不同，他受到这个民族的管理者“カ-ランド”的特别照顾，出生后就具有自己的意志，说完后迷之少女向上层走去，主角追上后她接着说：“カ-ランド”是这个星球的管理者，他的使命就是让“テラ”人民复活，但和“ジェノム”不同，他们没有器的概念，就像你我一样，真正的“テラ”人民沉睡了很久，为了重新统治这个世界他们通过这些“ジェノム”把自己的意志装在“器”中，以达到复活的目的......这时ダガ-醒过来并拜托エ-コ把主角找来。之后发生几段A.T.E。

主角为了要弄清自己的身世决定去会见カ-ランド，到达カ-ランド的房间见到之前的那个神秘老人。原来他就是カ-ランド。从谈话中得知自己和另外一个人都得到最优秀“テラ”人民的意识，但那个人的野心很大，曾经想连カ-ランド也废弃，他破坏了“テラ”人民复活的正常循环。这时，主角问那人到底是谁，カ-ランド说，那个人和你一样，而且可以说是你的兄弟，我想你们已经见过面了，他就是クジャ。主角惊讶的说：“什么，他也是通过ジェノム...但是他没有尾巴呀!”カ-ランド解释到：クジャ为了否定自己是ジェノム族，把尾巴藏了起来。起初让你们复活是为了平息“ガイア”的战乱，没想到在转换灵魂时出现了问题，クジャ比你先苏醒，而且充满了野心，也因此不能允许你的存在......之后，他就把你丢弃在另一个世界，也就是你一直生活的那个世界......两人交谈了很久，最后主角认为自己是什么并不重要，重要的是能与朋友和心爱的人在一起......スタイナ-、ビビ、エ-コ、クイナ、フライヤ、サラマンダ-，还有ダガ-。所以我要打败你，返回我的世界，这时カ-ランド说：“看来这个容器需要更换新的意识了......”说完后主角无力的瘫在地上......

这时クジャ也来到“テラ”，准备消灭カ-ランド和主角...クジャ发狂的说：“ガイア的人民、テラ的人民，我要告诉你们谁才是真正的王!哈哈哈.....”

这时在主角的意识里：

主角：“我...到底是谁”

主角：“我什么也不知道......”

主角：“我无法解释......”

这时，在主角的意识里出现了他的伙伴们......

エ-コ：“快醒醒!”

主角：“是谁?...谁在呼唤我......”

エ-コ：“请快醒醒!”

“......”

主角醒来后看到ビビ和エ-コ说自己没事，之后无力的走出门。一路上遇到一些怪兽，在战斗中会有伙伴来帮忙，最后在主角不支的时候，ダガ-赶到帮主角治疗。胜利后主角对ダガ-说：“把你们也卷入，真是抱歉”ダガ-稍微有点生气的对主角说：“什么话，我们不是伙伴吗!以前我们经历了那么多危险都一直相互信任，那时你一直在保护我们啊...”。这时其它伙伴也赶来鼓励主角，众人的话让主角重新鼓起了勇气。

之后，主角决定带领大家去找カ-ランド，击败他并回到原来的世界!在这里先SAVE一下，经过许多机关，其中有一个机关需要让玩家在打开开关后30秒内到达下方的门，要点是不要碰上那些光(先仔细观察一下光出现的顺序，然后再通过)，下一个要通过的机关是升降机，要点是：改变指针的方向，使其和左侧升降机的指针保持一致即可。当主角走道一半时发现无法继续前进，这时返回调节指针处发生A.T.E。先不要让A.T.E发生，直接走到刚才无法前进的地方，之后让A.T.E发生。通过升降机来到一个平台，在这里有3条路走：先走上方或右方的通路，经过传送点得到一些宝箱。之后返回平台走左侧，再通过一些传送点可SAVE，在这里可以调整一下装备。最后来到カ-ランド的房间，接下来BOSS 3连战!首先是一条白龙，可以从它身上偷到“カイザ-ナックル”、“ドラゴンメイル”、“エリクサ-”;接下来是カ-ランド，可以偷到“黑装束”、“忍びの衣”、“バトルブ-ツ”。当主角击败カ-ランド后，クジャ驾着战舰赶来，先是把受伤的カ-ランド踢到悬崖下，接着向主角发动了进攻......(虽然敌人很强，但之前我们拼命赚的经验值也不是盖的，之后很轻易的击败了クジャ)从クジャ身上可以偷到：“光のロ-ブ”、“キャラビニエ-ル”、“エテ-ル”。将他击败后变身，变身后的クジャ露出了他的隐藏很久的尾巴......并使用创世魔法“アルテマ”将众人击败。这时传来カ-ランド的声音：“你是不会赢到最后的，因为在唤醒你时，你所拥有的力量是有限的，但这种力量会逐渐消失的......”クジャ歇斯底里的说“别开玩笑了，这些话是用来吓唬我的吧......自己失败了就像用这种低级的方法吓唬我，我是不会上当的，哈哈哈...”之后众人脱出，并趁クジャ不在抢走他的战舰。在疏散完“テラ”的住民后，主角一行人驾驶着巨大战舰离开了“テラ”......(DISK3完)

DISK3END