战役部分紧接重返德军总部新秩序的结尾，1961年，德国已占领美国，玩家随抵抗组织和德军作战，击杀了操纵大型机甲的将军死亡之首，最后将军抛出了手雷，威廉·乔瑟夫·布拉柯威兹(玩家扮演的角色)身受重伤，后被队友救回。

第一关，玩家所在的u型潜艇被德军的空中舰艇灭绝者号使用大型磁铁从水下吸起，敌兵登上潜艇猛攻，玩家醒来时发现下肢瘫痪，需要操纵轮椅才能移动，拿着冲锋枪杀出一条血路，找到科学家赛特，他用电磁武器拦截敌人，玩家再拿着冲锋枪杀上甲板，反抗军的女领导人卡洛琳被敌人俘虏，玩家为了保住其他人，向德军假意投降。

第二关，德军女将军艾琳·恩格尔将其全部带回灭绝者号，她女儿希格兰·恩格尔的政治观念却倾向于抵抗军，出面阻拦她斩杀俘虏，但没有效果，艾琳仍将卡洛琳斩首，想要斩杀佛吉斯·雷德时，他挣扎了一下，只被斩断了右臂，玩家穿上了卡洛琳留下的动力甲，可以直立行走，一路杀到控制室，断开了磁力装置，潜艇再次进入水下。然后再原路杀回，带着卡洛琳的遗体，和佛吉斯、将军的女儿乘坐逃生舱离开。

第三关，大家在潜艇上讨论敌情时大家质疑如何被德军发现，将军的女儿提到他们在灭绝者号时收到了潜艇F区发出的信号，玩家去F区查看情况，这里已经是个封闭区域，残留着很多德军，他们在潜艇上发出了信号，全部击杀后摧毁信号站。

第四关是在潜艇里去见科学家，他把去世的小猫的脑袋嫁接在一只猴子的尸体上，结果存活了。玩家根据科学家的指示，击毁靶场的无人机，潜艇的活动区域中还包含居住的舱室、酒吧、食堂、指挥部等处，佛吉斯装上了一条机械臂。玩家的妻子在女领导人的办公室里找到了另一支抵抗队伍的所在地，位于帝国大厦的顶楼。以前纽约已经被核弹摧毁，玩家穿着装甲来到纽约，那里已经一片废墟，其中有很多穿着黄色防护服的德军，帝国大厦前有个大型机器人，但没什么威胁，很容易击毁。进入帝国大厦后和这支抵抗军的人会面，指挥官是一个黑人妇女，叫格蕾丝，她的副手叫狂哥。德军再次进攻，掩护他们从楼顶撤退，全部返回潜艇。

第五关，在潜艇上的F区寻找核弹头，途中会遇到很多机器人，拿到后带给赛特，让他改装。第六关，找到直升机，进行充电，找到格蕾丝，她提到德军总部正在罗斯威尔，传说以前有架飞碟坠毁在那里，德军可能在那里研发新科技，赛特提到那里以前是个美国基地，研究反重力科技，后来被德军夺去。

第七关，玩家先到罗斯威尔和狂哥的餐厅和他碰面，在那里遇到一个德国军官，击杀后进地下室，狂哥的父亲建造了地下室，用来监听美军基地，还挖了一条隧道。玩家沿着隧道，前往德军基地。隧道末尾是个火车站，除掉敌人后启动火车，穿过车厢，杀到车头，进入基地，把核弹放到了基地的装置里，然后再杀出基地，驾驶摩托车离开。

第八关，玩家来到小时候住过的农场，父亲在二楼的房间里等他，母亲是犹太人，被父亲供出，已被德军抓走，弑父以后，德军来袭，灭绝者号的触角吸住了房屋，一番抵抗后击毁了两个触角，房屋倒塌，被残骸压住后被俘。不久，狂哥假扮律师前往德军监狱营救被杀，在车库接应的友军被击退。数日后玩家先在媒体前被羞辱，又在法庭上受审，这里会进入一段假想状态，在法庭和敌人混战，这里需要拿到走廊里的锤枪，绕着走廊打，然后攻上二楼，在办公室里能看到母亲。清醒后被判死刑，在广场前的高台上被艾琳斩首，赛特操纵机器人在下面接住了头颅，插管后生还，又被接上了德军超级战士的躯体，还能选择三种辅助装备，巨蟒勒甲用于进入狭窄区域，增力盔甲可撞开薄铁门，战斗步行器类似高跷，可以提高玩家的高度。

第九关，美国最大的抵抗组织位于纽奥良，首领是霍顿，德军正在围攻此处，玩家进入核子避难所，开始阶段受辐射影响，生命值会持续减少，进入基地后恢复正常。中途会遇到两只机械狗，生命值较高。这关末尾能拿到战斗手枪，拿到有关纽奥良的档案，大门打开后要找到呼吸器才能防止生命值下降，乘坐直升机返回。

第十关，玩家把纽奥良的档案交给格蕾丝，去路易斯安那州的纽奥良，沿途清除掉敌人，大部分场景都可以用重型武器打，在美国银行找到霍顿，然后骑着蒸汽怪兽掩护霍顿等人撤退，进下水道进入燃烧的房屋，登上潜艇后发射了一枚核弹，干扰了灭绝者号的抓捕活动。

第十一关，德国总司令部在被炸毁后，不得不迁移到了金星，同时他们在召集演员，要选人扮演布拉柯威兹，准备拍摄电影，选角活动在金星上进行，为了再次摧毁司令部，布拉柯威兹绑架了一个男演员，并冒名顶替了他，前往金星，在这里遇到了其他三名男演员。掌握最终决定权的人居然是元首希特勒，老年的希特勒已经是花白头发，依然神经质，有点迷糊，因不满意其中两人的扮演，将他们枪杀，最终选中了布拉柯威兹扮演布拉柯威兹。等到来到卧室，士兵发现了行李箱中的武器，布拉柯威兹大开杀戒，攻入指挥室，抢到了一件太空服，可在金星上行走，不过冷却剂的作用时间有限制，必须经常补充才能继续在室外活动。

第十二关，在金星表面上行进中杀敌，不久进入室内，又进入室外，作战区域有间隔，中途出现了一条类似怪兽的新敌人，还能拿到超破坏步枪，最后在最高指挥部里拿到奥丁密码，驾驶飞碟回地球。返回潜艇时，似乎遭到敌人进攻，实际上是其他人给玩家过生日，大家喝的酩酊大醉，醒来时佛吉斯的机械手臂不见了，先要到餐厅里找人询问，得知他在求爱不成后拆了手臂去了机库，接着去机库用激光枪烧开箱子，进通风管道找到手臂，返回酒吧给他装上去。

第十三关，希格兰·恩格尔破解了灭绝者号的密码，趁艾琳参加访谈的机会，反抗军乘坐直升机进攻灭绝者，末尾的出现了一种新型的机器人，还有很多重型机器人和步兵，要用四个高台上的雷神炮对付。结束以后进入控制室，获得灭绝者的控制权。进入直播间后，用斧子杀死艾琳。

此外还有一些除掉各地指挥官的支线任务，在主线任务完成后可继续执行。一共需要暗杀15个德国军官，每次暗杀之前，需要坐到指挥室一只可以上升的椅子上，使用解码机对迷式密码解密，界面的上半部分是迷式密码，每个迷式密码分为上下两部分，需要在14秒内在下半部分可以操纵的区域中寻找完全对应的图形。每个指挥官有5到7个密码需要解锁。完成后才能在作战地图上找到这个军官。每个分支任务分布在不同的区域，地图来自战役，每个关卡敌人的数量并不多，消灭目标后获取其身上的配件就可返回基地