打倒了最终BOSS，大家以为完结了，最终BOSS又站了起来，月球打开了，二者融合到一起，世界末日还是来临了。然后主角又一次来到了天鹅绒之间(电梯间)，选择了自己一个人进入月球内部做个了结。

然而融合后的最终BOSS是强大的，主角被打致生命值剩1，这时候众人的话在主角心中响起(开始圣斗士的经典桥段了)“不要死!”“你不是一个人!”云云。然后主角得到了众人心的力量，领悟了最终必杀“大封印”，消耗生命值999(生命最大值)将BOSS封印了。

正当大家以为主角无法回来而痛苦的时候，望月的声音响起，告诉大家主角一定会回来的，然后就是主角的微笑回归……时光如梭，转瞬过了两个月了，在那个夜晚过后，大家对PERSONA的记忆似乎都消失了，只有主角一个人在学生宿舍里独来独往，背景音乐变得舒缓而抒情……

终于到了毕业典礼的那天，早上アイギス突然来敲门，说她记起来事情的全部，泪流满面，或许这么痛苦的事情对她来说忘记了会比较好……毕业典礼上，毕业生代表桐条美鹤发言，当提到自己父亲的身亡的时候，她以及在场的特别课外活动部成员终于记起和主角所经历的一切(记忆可以遗忘，但是逝去的人却无法回来了)，他们不顾毕业典礼没有结束离开了……

在传说的樱花树下，アイギス对主角说要守护他一辈子，然后主角突然觉得好累，就在大家就要找到他的时候，枕着アイギス的膝盖睡去了……

对于结局的理解，主角在封印BOSS的时候已经死了，是为了遵守与大家的约定?是为了再见到自己所爱的人?还是为了选择自己的埋身之处?他再次回来并坚持到了毕业典礼。最后主角的睡去，可以和FATE里面最后Saber倚着树睡去的理解相同，就是永眠。