第五幕：开罗，埃及(2)

Illuminati的部队在开罗结集，清真寺附近部署了他们大量的兵力，接下来有两种选择：Illuminati方向希望你杀掉Paul Denton，复兴ApostleCorp的势力；教会武士方法则希望你去援助他。Paul Denton目前在110层的24号机库。

由停机坪回到南麦地那的街道，与QueeQueg咖啡馆的老板对话拿到一个Pequod咖啡馆保险箱的密码，然后与旁边的Sid Black对话，雇他担任飞往纽约的驾驶员。与门前的Illuminati战士对话得到刺杀Paul Denton的任务。

往前来到北麦地那收到JC Denton的讯息，上楼梯又收到Nicolette的通讯，然后上楼发现Leo不在这里了，与旁边的奥马尔商人对话购买一些装备。然后返回到清真寺遇到好朋友Leo，资助他500块钱作为路费离开这里。沿街道往前走与Lin谈话，提起Illuminati部队的事。前往居住区找Nassif对话，他怀疑有人悬赏取他家人的性命，你受托前往上层的教会武士居住地调查真相。前往上层由排风通道潜入寝室看到Silas Archer正和教会武士接触，将他们杀死后再回去找Nassif拿到200赏金。

进入清真寺收到Nicolette的通讯介绍了寺庙里的情形，很多平民被困在里面，如果将看守的机器人消灭他们就可以逃离这里。先清理走廊的敌兵，其中一人身上带有火箭筒收起它，到地下室逐个房间清理收集武器弹药，然后到寺庙大厅对付那个机器人，用火箭筒两下就可轰倒它。将所有敌人清除后回到地下室的医疗室与Ameer谈话得到生态建筑SSC亭子的通行密码，与医师谈话得到药包，然后在清真寺找到前往生态建筑的电梯来到107层。

走出电梯遇到大量的敌兵，Dumier发来通讯得到解救战俘Klara的任务。往前杀掉敌兵，在Pequod咖啡馆的保险箱拿到金钱和手雷。然后与角落里的NG谈话得知她被囚禁在110层。往前到征募处在墙上的保险箱拿到100块。由地上的斜坡通道进入设计维护区(Nanoformer Programming)，在廊尽头是WTO守卫和锁住的门，如果想救Klara的话要杀掉守卫，里面的守卫会开门冲出来(省下电弧刀了)，冲进去救出被关的Klara并得到武器配件。前往108层收集弹药和手雷，往前清除掉大厅里的守卫，在警卫室摧毁枪塔和监视器，用Ameer给的密码打开柜子拿到武器配件和道具。

乘电梯来到机场大厅，出大厅与左边的Illuminati士兵交谈，沿斜坡走下去使用桌上的通讯仪与Saman联络，他提议你加入教会武士的行列，让你将血浆样本送给Todd博士检验。这时前往候机大厅会遇到一些教会武士，这时他不再攻击。来到23号机库与Leila Nassif谈话，然后前往储藏室与里面的NG谈话。

接下来要决定的是否加入教会阶层，它会影响到你和三个派系之间的关系。这时前往24号机库与Todd谈话，如果将血样交给他会加入教会，这时收到Saman发来的讯息要你前往纽约城，如果拒绝则马上会触发战斗，然后接到刺杀保罗的任务，他就在24号机库内。然后去23号机库走廊到贵宾室使用控制台启动灯塔，与飞行员Ava离开。

第六幕：自由岛，纽约

根据在开罗的最后抉择，主角将会面对不同的敌人的和伙伴，接下来的行动会有不同的际遇。来到自由岛后Ava发来一份地图，接下来根据伙伴的不同接任务的顺序也有所不同，但总体的任务是相同的。接下来寻找阿奎奈电脑程序，JC Denton的超级电脑在最后阶段扮演着重要的角色，几个派系指派你去摧毁它的运作。如果选择帮助ApostleCorp的话，他们希望你上载阿奎奈程序，将它与太阳神系统合并，使他们的文化和人性得到提升和进化。如果选择帮助Illuminati，他们希望杀掉其他派系的首领，将阿奎奈程序上载到Illuminati的系统里，并杀掉JC Denton并摧毁他的系统，这样他们将进入超前繁荣的光明时代。如果选择背叛并加入教会，Leo会要你杀掉其它派系的首领，并摧毁JC的电脑系统。根据三个不同的立场和路线，游戏会有三个结局。

在一开始拾取地上的弹药补给，杀掉广场附近的敌人，这时Saman、JC或Tracer Tong会发来讯息。往前在自由女神像的基座找到大门进到大厅，在里面会找到JC和他的电脑系统，如果加入教会的话不要破坏里面的电脑系统，否则Saman会派出教会武士来修理你。由隧道前往自由岛的东部，在北部码头角落的一间屋子会遇到ApostleCorp方面的Tracer Tong，往东部的建筑物大厅遇到教会方面的Saman，根据任务要求可选择杀不杀他们。

回到自由岛西部找到UNATCO废墟入口，这时会收到Leo的通讯，进入废墟会遇到Billie Adams(如果当初没杀掉她的话)，如果加入教会她会帮助你应付敌人，否则就要杀掉她。下楼梯赶往控制室，沿途会遇到大队敌兵的阻击，在控制室里使用电脑(Aquinas Hub)，按照当初你的立场选择和任务要求，分别选择将程序上载给Illuminati、Templars 或JC Denton一方。完成后离开废墟，回到自由女神像下面的大厅，根据任务要求保留或摧毁JC Denton的电脑系统，游戏至此结束，观看不同结局的过关动画吧。

隐藏关：秘密集会(Deus Ex: Invisible War Wrap Party)

在游戏最后的场景：自由岛的西部找到UNATCO废墟，在第一个房间里拨起地上的旗帜，沿楼梯走下去来到下面的居住区，在右尽头的房间里找到一间只有一只马桶的卫生间，在这里即是隐藏地的所在，将手中的旗帜插到马桶上直接传送到聚会的现场，其实这里是西 雅图夜总会的场景加以简单的修饰。在这里游戏里出场的主要人物都会存在，有的跳舞有的唱歌，动作和语言很具幽默感。建议在隐藏聚会中存档，以便有空再来观光。