第二次下潜也同样以同伴发疯告终。第三次下潜的时候没有同伴发疯（因为这次派去的都是高科技精英）。他们来到水底见到了信标——一栋楼那么高的巨型石质物体。DC决定打捞信标。在信标出水的过程中研究基地不断有人发疯自杀，而奥特曼也看到了岳母的幻象，岳母在告诉她：危险！远离！（Dangerous！Get away！）

显然不打算收手的马考夫继续将信标打捞出水，这个过程中奥特曼不得已手刃了数名发狂的同伴。当信标出水后，精神影响达到了顶峰：很多人受到了它的影响，认为信标是神（他们称为：圣物）。而奥特曼是神的使者（即：摩西，这个名字是不是很熟悉 -_-!~ )是神派来引导他们的，他们要拥立奥特曼为教祖（注意：不是教主！那个啥——日月神教，千秋万载，东方教主，一统江湖!）但是被信仰科学、唯物主义无神论者奥特曼大哥坚决的拒绝了。

在打捞及研究过程中，奥特曼偷偷留下了研究数据和信标碎片。他带着这些东西来到华盛顿召开记者招待会，把圣物（也就是信标）的故事公布于众。恼羞成怒的马考夫秘密绑架了奥特曼，想通过严刑拷打来逼迫奥特曼讲出全部的研究成果（奥特曼之前对马考夫隐瞒了一部分），没想到研究基地内的Marker教教徒都要求见到奥特曼，迫于压力马考夫只得停止折磨奥特曼并让他出面安抚教众情绪。

这时候马考夫的秘密斯蒂文斯（Stevens，解除圣物但没有发狂的少数人之一，可见其心理素质之优秀）表明他会在马考夫和圣物之间选择一个胜利者来跟随。研究基地内的一名科学家破解了圣物上的文字，发现圣物上刻着的文字是一种新的基因序列。于是，潘多拉之盒被打开，连环悲剧就此发生。

研究基地的生化研究主任古特（Guthe）不顾幻象中情人和祖母的组织，坚定不移地开发了这种活体细胞，并且自己对自己进行了注射（据说是古特本人从小就对别人的命令有逆反心理）他开始了变异，并且因为受到圣物的召唤来到圣物旁边，在这里他被马考夫的手下“爆头”，在尸体被抬离的过程之中（我们当然知道这种怪物爆头是死不了的）古特完成了变异，变成了一只感染者。于是，惨剧开始蔓延了。

奥特曼没有办法，只得和几位同伴一起杀出一条血路（动感光波！BIU~BIU~BIU~），同伴之中有一位名叫石村秀喜（Hideki Ishimura）的物理学家，他发明了控制引力的方法，使得人们可以通过裂解行星获得资源，所以第一艘行星裂解舰的名字就叫：石村号！

最后奥特曼看到了妻子艾达的幻象（由此推算艾达已经早被马考夫杀掉了）一番周折后，奥特曼设法复制了圣物的基因代码，使得圣物平静了下来。圣物与奥特曼进行精神沟通，经过交流后，奥特曼与圣物订立了契约：圣物恢复平静并镇压这一疯狂的局面。作为交换，奥特曼要为圣物创造一个后代并清理这一切痕迹。于是奥特曼炸毁了研究室，并将圣物本体藏到了无人知晓的位置。同时他还留下了一些关于圣物的资料。

遗憾的是命运最终还是作弄了奥特曼，特被马考夫和斯蒂文斯杀死。二人利用他生前留下的录像煽动Marker信徒建立了统一教（Unitlogy)，并立奥特曼为教祖（最终奥特曼还是坐上了教祖之位）而且他们窃取了奥特曼的研究成果，复制了一座圣物并将它藏在了神盾七号殖民地。正是这个复制品，引发了《死亡空间1》的故事。

经过两百年的发展，统一教已经发展成为全宇宙第一大教……（这~~那个啥~~要和谐……）各行各业都有统一教的信徒，并且控制了地球上几个非常大的财团，其会员制度也非常神秘，每一级的会员对组织的了解也不一样。这样的一个教会，实力已经大到可以和当时的地球政府对抗。(联想到了什么了么……嘘~~要和谐~~~)。

第二个圣物在人类的的殖民地神盾七号上被发现。在殖民地上的教徒为之兴奋的同时，奇怪的事情开始发生，大量的人们开始失眠，情绪不正常，暴力事件也经常发生。阿巴哈姆.纽曼（Abraham Neumann）是殖民地的保安队成员，他与妻子都不是教徒，对于教徒的行为完全无法理解。在原因不明的暴力事件接二连三的发生后，他们试图向殖民地的负责人提出质疑，但殖民地政府未予理睬。实际上，殖民地长官安苏西亚也是一名教徒，发现信标后他第一时间通知的不是地球政府，而是统一教高层。

之后就发生了教徒集体自杀事件，接着，圣物将会被运往地球，而负责运输任务的就是“石村号”。由此可见，石村号以及CEC（Concordance Extraction Company，和谐裂解公司……也就是死亡空间中的那个资源公司）都是统一教的下属企业。

事态往严重化发展，医院已经人满为患，由于不明生物的出现与繁殖，整个殖民地陷入一片混乱。石村号却向殖民地发送信息，不允许任何飞船随意接近。纽曼的妻子发现信标上的文字师傅表示了某种DNA信息，并初步分析出了这种生物的繁殖方式，不过可惜的是，她在逃离殖民地的过程中不慎死亡，纽曼趁自己还活着，赶紧用录像说明了殖民地上发生的一切，并呼吁政府使用核武器炸掉整个殖民地。录像的最后，纽曼慢慢地走出屏幕，并留下一句话：不要找我，你们找不到我的。在石村号到来前，殖民地人民度过了绝望而恐怖的十二个小时。

石村号来到殖民地装载圣物，石村号上的保安总长阿丽莎（Alissa）不是教徒，对圣物也抱有怀疑的态度，她建议舰长不要携带这件来历不明的物品，但是遭到了舰长（舰长本身就是个狂热的信徒）的反对。圣物被带上石村号，这时候殖民地的混乱已经达到顶峰，一名幸存的矿工驾驶着小型飞船强行登舰，没想到小飞船中混入了一只感染者，石村号上的悲剧开始发生。

石村号上的医生，凯恩博士（DR.Kyne），意识到圣物是这一切的源头，他向舰长提出要求：圣物无论如何不能带回地球，这会给地球带来灭顶之灾。但是受到圣物影响的舰长已经发狂，他认为凯恩博士是在阻止他与圣物合为一体。争斗中，博士失手杀死了舰长。博士关掉石村号的导航系统，阻止了石村号向地球飞行。

阿丽莎带领保安队试图处理这起突发事件，然后由于装备跟经验的不足，阿丽莎的小队全军覆没，阿丽莎也感到自己不可能生存下去了，她留下一段录像后打开了密闭闸门，把自己和成群的变异体送入了太空，用生命为消灭变异体的工作作出了最后的贡献。

死亡空间：血统

神盾七号的住民开始异常，麦克利尔（Nathan McNeill，殖民地的police）和维勒(Gabriel Weller)（石村号的保卫）开始调查住民暴乱，但发现事情无法控制。神盾七号开始出现异变怪物，他们救出了幸存的莱克欣(Lexine Murdoch)以及沃伦(Warren Eckhardt)。四人为幸存二战，最后成功摆脱了1代最终BOSS，并成功登陆石村号。他们原本是想到石村号上避难，但是最后发现石村号上的情况甚至比殖民地更加严重。麦克利尔等人被护卫队捕获，被送去了医护室，遇到了艾萨克.克拉克（Issac Clarke，游戏的主角）的女友妮可(Nicole）。4人带着妮可进行逃亡，妮可在保卫室选择留下帮助需要帮助的人。石村号上凯恩博士在逃亡过程中救了莱克欣，并和麦克利尔等人一起逃亡，但由于揭穿了沃伦的统一教徒身份而被其杀死。维勒和沃伦前往逃生舱，维勒发现沃伦的秘密（统一教教徒！），被其枪击。之后沃伦被突然出现的怪物杀死。而另外一方面，麦克利尔和莱克欣看见了妮可的最终遗言影像。而为了让逃生船成功发射，麦克利尔独自前往石村号外舱，和巨型怪物战斗（1代那个被打炮赶走的），最后自断一臂。但麦克利尔还是因为受到圣物的影响，在船舰上变异成镰刀怪，被莱克欣枪杀。（个人猜测）

四人中仅存的莱克欣向接近的凯利昂号（kellion，艾萨克来到石村号时乘坐的小型飞船）发出“不要接近”的警告，但显然对方没有收到这条信息。

死亡空间1 剧情

凯利昂号登陆石村号，奉命检查并排除石村号的故障，工程师艾萨克（Issac Clarke，游戏主角！全宇宙最淡定、最暴力、心理素质最好、功夫最高的工程师，没有之一！）反复查看身处石村号女友妮可发来的录像，录像中，妮可显得非常恐慌，无助，她告诉艾萨克，她很爱他。其实艾萨克的到来既是为了执行修理石村号的命令，同时就是为了寻找自己在石村号上当护士的女友妮可。这些人刚登上I石村号，就发现这里已经变成了“鬼城”。不久之后，主角艾萨克一行就受到了变异体的攻击，而艾萨克自己被迫和其他组员分开，独自求生，他的队友也只剩下哈蒙德和肯德拉（Kendra）。