避难所是为了使人们躲避核战争而修建的地下掩体，等到大战过后，地面环境可以生存时，可以让人们出来而重新建立家园。因此在战争爆发时，被允许进入避难所的大多是科学家，艺术家，政治家，以及各界精英人士。每个避难所也有着自己独特的使命，科研方向，装备等等。尽管在战争爆发时一些避难所还没有修建好，因此很多避难所被摧毁了，但是仍然有一些较大的留了下来。Enclave实际上就是最大的避难所的后代，主要负责的是重建美国政府权威，因此得到了大多数武器应用的科技。而Enclave的首脑就是美国总统，由于在Fallout2中被二代主角杀死，因此被人将大脑信息复制到电脑中，作为一个人工智能的电脑存活了长达200多年之久，而200多年后，也就是我们Fallout3伟大主角的诞生之时。

1.Vault 87

由于各个避难所存放的科技与装备都不同，只有Vault 87避难所才存放了GECK伊甸园制造器。在主角得知了这一消息后立即赶赴87号避难所。原来87号避难所的科学家在Overseer的带领下进行着人体的基因改造，改造的对象是迷路的旅行者和从外面抓回来的各种人群，其中大部分都已经丧生，一部分被改造成了超级变异人或者突变成为了异型。但试验结果却不让人满意，大部分的超级变异人尽管身体发达，但头脑却萎缩到无法维持它控制心跳，呼吸以及正常生活的地步，大部分的变异人在试验后都死去了，只有少数活了下来，并且突破了牢笼，破坏了整个避难所。尽管如此，超级变异人中仍然有一个被改造后仍然保持着自我人格的NPC，也就是整个地图裸身最强NPC，超级变异人Fawkes，自带的装备居然是格林激光枪。而在探索这里时要注意，如果不小心打开了所有牢门的锁，会陷入让苦战所有变异生物的地步，但其实每个老门前都有一个终端，记录着该牢笼里生物的历史信息，如果科学技能够高，可以破解进去，其中有一个选项是毁灭试验品，可以立即放火烧死牢里的试验品，有兴趣的可以试试。

2.Vault 92

92号避难所已经被遗弃。这里是艺术家的避难所，而由于这里的科学家们在平时生活中研制出了一种叫做“白噪音“的声音。通过这种声音可以催眠人类，并让被催眠的人类绝对服从任何给与的命令，而且能使得这些人的体能更加强健，电脑的终端里还记录了一个被白噪音弄疯狂的试验品让警卫开了20多枪才击倒。于是乎这里的Overseer便想借着这项技术自己成立一支强大的军队，便瞒着科学家便在避难所居民睡觉的时候偷偷给他们放这种噪音听，但由于技术开发还没有成熟，日积月累的噪音催眠下所有居民都疯掉了，并开始了互相残杀，Vault 92的生命也就走到了尽头。主角到达时，里面幸存下来得居民全都发了疯，见你就攻击。在避难所中你可以找到发明噪音的科学家的笔记说明了这一切与他的后悔，以及另外一个避难所的音乐爱好者居民在被声音折磨得发疯前的笔记。根据这个笔记发现里面还可以找到一个录音室，进去后可以在录音桌上找到一把小提琴（任务物品）。