在重装战士的盔甲爆炸之后，B.J.捡起来掉落的粒子加农炮。穿过紧接着的一道门，等候他的是更多的纳粹重装战士，他要怎么做呢？

与原始的《德军总部》一样，游戏世界中存在着的大量的宝物和人工制品。金条和那些富有价值的人造品将会耗费更多的时间来寻找。Biessman在谈起《德军总部3D》版的时候提到了玩家为了寻找秘密道具，不得不用空格键频繁的在墙之间跳跃来寻找暗道。此作中将会加入更多的珍贵道具，甚至可以用来卖钱以换取武器的升级等。另外游戏中除了克莱扫集团外还有其他的组织，能帮助你增加特殊的能力。能力也并非是随时都可用的，游戏中还加入了一个充能槽用来指示什么时候可以使用特殊的能力。

在线多人联机模式也会采取类似《德军总部：深入敌后》[Wolfenstein: Enemy Territory]，从而引出了一个新的续作《雷神战争》[Quake Wars]。在这次的游戏中，你将会体验到全部的黑日武器、超自然力以及进入到那个“世界”之中。