《合金装备》系列的故事情节其复杂程度堪比美剧“烂尾神作”《迷失》，甚至可以说有过之而无不及。这并非小岛秀夫的初衷，实际上，他坦言游戏的故事内容应该简洁为主，至少表面上看应该如此。

 “我本不想把游戏弄得那么复杂的”小岛秀夫如是说，“也真没打算弄成现在这样。理想情况下，一般我都会构建一条简洁的故事脉络，至少玩家一开始能够很好理解，等一旦深入，又能发现许多细节所在。但总体上，我仍希望玩家俯瞰整个故事情节时，会觉得它的脉络足够简洁分明。”

之所以造成整个系列如此错综复杂，一部分原因在于小岛秀夫原本制作《合金装备》第一部时并未架构好所有系列的故事脉络。这就导致历代故事情节缺乏一气呵成的连贯性，譬如《合金装备5》。

年近五十的小岛秀夫最后说道，自己偶尔会觉得《合金装备》系列“很难处理”。也因此，他也表示打算把后续系列的制作转给其他人，但目前，尚无合适人选，他解释道。