世界层：地球模拟器中有着与现实几乎没有区别的世界，也就是地球模拟器中也有着地球，而且“地球模拟器中的地球”中也开发了地球模拟器……像是这样地球纵向存在着复数层的概念称为“世界层”。于是主角们现在身处的世界是真正原点的地球吗?

可以改变未来的SAVE&LOAD：步论与桃相遇获得了“谜之装置”，使用其可以发动“SAVE&LOAD”能力，读档后步论的记忆也会让读档前的自己继承，即便陷入绝体绝命的危机，也可以使用这个能力来到达其他结局。

梵蒂冈的枪客：2012年在梵蒂冈，有一位持有秘密情报的系统工程师失踪，原黑客，可以制作出比美国特务机关持有的制御系统更加高度的东西，但是依然行踪不明。

法蒂玛第三预言：1917年葡萄牙法蒂玛的小村庄内3个孩子遇到了圣母玛利亚，其告知的6个预言中的三个，第一个是“第一次世界大战的终结”，第二个是“第二次世界大战的爆发”，然后第三个预言为“绝对不能对他人说，1960年公开发表”，但是1960年得知预言内容的法王，因为内容太令人恐怖而被其封印，现在都没有公布。

黑色骑士卫星：在接近极轨道环绕地球的迷之卫星，据说在人类发射人工卫星以前就存在于宇宙之中。

高迪代码：建筑家安东尼·高迪创作的作品群中，记述着谜之暗号“高迪代码”，据说在西班牙的未完成大圣堂“圣家堂大教堂”隐藏着可以解开全部高迪代码的某种东西。这所圣家堂大教堂预定于2026年完成。