主角在一场充满种族歧视的活动中，因手背上的「假牧人」符号而被警方逮捕

从警方手中奋力抵抗而脱逃的Booker，被迫在大批敌人的追捕下前往囚禁伊莉莎白的高塔。就在Booker打算搭乘飞行船前往高塔时，先知 Comstock却突然出现，他对于主角来到哥伦比亚的目的，以及过去的一切似乎是了若指掌。 Comstock眼见言语的威吓无法阻止Booker登上飞行船继续前进，竟然利用了狂信者的自杀攻击炸毁了飞行船！千钧一发中脱逃的Booker在几经波折之后终于抵达了目的地。

透过影像朝主角喊话的Comstock，为什么他会对主角的过去与目的了若指掌呢?

让狂热信徒用自杀攻击烧毁主角搭乘的飞行船来阻止他前进

进入高塔之中的Booker，赫然发现这里竟然是专门用来监视与研究伊莉莎白的机构。在塔顶与伊莉莎白相遇并取得对方信任的Booker，藉由委托人所给予的高塔钥匙解放了少女的囚禁生活，并带着少女在看守高塔的巨大鸟型机械人-「Songbird 」，以及哥伦比亚的大批军警追捕下，展开了一场惊险刺激的逃亡之旅，而玩家们的冒险也从这里正式开始！

整座高塔内充满了监视伊莉莎白的设备与研究资料

玩家们真正的冒险将从救出伊莉莎白后与她一同进行