相比前作的机制改变：

一、将城市“展开”

本作中建筑都摆在地图上，而不是堆在城市中。同时新增“城区”设定，建筑必须修建在城区上(例：没有“军事营地”不能建设军营)。

“城区”共有12种，以不同颜色区分。每个城区都有人口要求，达到后才能修建。每种城区都有对应的几种建筑。同样的城区或建筑，一个城市只能有一个。

地形会为“城区”提供加成。

举个例子，要修建科研类建筑必须先规划出“学院区”，而将“学院区”放在哪种地形上是很重要的，因为不同类型的科学家在不同的地形上效率会不同：雨林地形有助于研究物种生态，山脉地形有助于观察星空。我们设计了12种“城区”供玩家选择，“城区”都对人口有一定要求，所以玩家需要根据自己拥有的资源来决定“城区”的选择。

此外，玩家可以选择攻击一个特定城区而非城市中心，从而影响城市的运作。当然游戏中也新增了应对手段来增加城市的防御。例如在城区设置军事营地，当敌方队伍接近城市，他们除了遭受来自城市的攻击外，亦会被军事营地攻击，令他们可能需要转为攻击军事营地，再夺取城市。

主设计师Ed Beach将城市的建筑分散在不同地块上，就好像Jon Shafer(文明5的主设计师)在文明5时让每个单位占一格地图一样。这些功能增添了模拟城市类游戏的城市管理要素。

要修筑建筑必先规划城区

科学园区还没修建筑的样子

二、“主动研究系统”

所谓“主动研究”，可以理解为“触发式”的科技树。游戏会根据玩家拥有的设施/建筑/占有的资源等情况，主动给予玩家可观的研发便利，让玩家研发某些科技变得事半功倍。

用“石工术”举例：如果玩家占有建造城墙或金字塔的石材资源，研发“石工术”就会很容易，而如果玩家地图周围都是草原，没有石材资源的话，要掌握“石工术”就会较困难。那么，如果此时玩家能够找到相应的资源，比如建造一座“采石场”，游戏将会解锁针对“砌造术”的研发加成，让玩家以之前一半的价格研发“石工术”。海事类科技也类似，如果玩家地处沿海，就能获得相关科技的研发加成：这部分的科技树会自动解锁。

正因为这些研发便利大部分都跟玩家所处的地形有关，所以每次游戏都是不一样的。游戏设计师希望通过这个设定，让玩家不要每次游戏都用固定的科技build，虽然本作中玩家一样可以按一成不变的顺序研发科技，但这个设定的存在很可能促使玩家做出改变。

三、外交

由AI控制的文明，每个领袖都会有不同的「领袖特征」，特征的设定依据真实历史记载。不同领袖与玩家互动的方式都将因「领袖特征」而异。同时，每个AI领袖将有隐藏的第二特征，每次游戏开始将随机生成，玩家需要在游戏中和AI打过交道才能得知。游戏中可以通过间谍活动察知对手的隐藏倾向。