1、Snake第一次钻下水道的时候，Kaz会主动联系Snake，回忆起当初第一次认识的情景，估计他们当初认识的时候，跟下水道有关

2、用望远镜标记Paz并Call Kaz，会出现一个奇特的音效，这个音效出现在和平行者和Paz约会的关卡，好像是给Paz照相的时候，只是当时的伊人现在已经被摧残的不成年人形

3、支线救间谍的关卡，救的间谍就是小岛秀夫，这个大家都知道，但仍然有一些彩蛋在里面

小岛在和平行者里也出现过，身份同样是谍报人员

任务介绍的时候，Kaz说目标是基地里极其重要的人物，一是小岛是游戏的制作人，二是小岛在和平行者里，是最早能够入手S级谍报人员，说是基地的元老级人物也不为过

4、Snake拿的小岛秀夫的眼镜，就是小岛在制作原爆点时戴的眼镜(给自己的眼镜都要来个特写镜头，你是有多爱你的眼镜啊)

5、开头剧情，Snake的一句“各位是不是久等了”，小岛故意的，算是正式回应期待了等待了6年的正统续作

6、支线关卡重温记忆，就是整整一个彩蛋关卡，里面所有的任务目标都是关于MGS初代彩蛋

暂时只发现了这么多