主线剧情：清除、新的开始

接下来要做的就是继续探索，前往星系中心或是继续完成“阿特拉斯之道”。

在旅行途中，会收到阿波罗与无名的讯息，对阿特拉斯与整个游戏世界有了更进一步的了解。

跟随导航一路穿过黑洞前进，如果碰到阿特拉斯空间站就顺便进去拿张蓝图。

随着不断的前进，会获得传送门符文，累计16个之后会出现导航，前往通向阿特拉斯所在的传送门。

修复传送门后进入传送门，传送到未知星球上。

一段时间后会开始倒计时，执行代号“16”。

注意：一定要将各种初期材料（如“铁氧体碎片”）转移到背包里，后面会用上。

倒计时结束后来到即将毁灭的阿特拉斯面前。

连续发出六声呐喊后，执行最后的决定。

这里没有其它的办法，只能在“通过中心”和“拒绝阿特拉斯”中选择其一。

通过中心即为进行妥协，重置阿特拉斯宇宙并获得称号“最后的探索者”。

拒绝阿特拉斯即为放任它毁灭，不过仍可以进行游戏内容。

选择重置，沿着出现的道路前进。

四个颜色的球分别代表四种不同类型的星系。

红色：更加危险，燃烧或熔岩星球更多。

绿色：更加安全，繁荣的星球更多。

蓝色：更加危险，寒冷或冰冻的星球更多。

浅蓝色：相对平衡，和当前星系稍有偏差。

做出决定后载入新的星系。

出现在新的星球上，但此时除了技术栏位里的配件以外，所有的配件都会损坏，需要维修。

如果没有足够的资源，只需要近战攻击周围的植物，获得足够的碳。

之后制作“碳纳米管”即可修复“分析面甲”，找到飞船。

修复飞船之后前往外太空，与异象空间站内的纳达、保罗对话后完成任务。

至此主线任务结束。