当Scrin抵达地球，他们在充斥著泰伯伦矿，GDI称为红区的荒原上著陆。庞大的Scrin军队涌入红区，并以看似压倒性的军力随意向GDI及Nod开战。一开始，异形的攻击行动似乎无迹可寻。后来，GDI发现Scrin对人类种族并不感兴趣…他们之所以出现，全都是因为地球上的泰伯伦矿。游戏故事将揭露一些有关这些异形降临的秘密，以及他们和绿色水晶的关系。许多的疑问将获得解答，但肯定会衍生出其他的问题 – 围绕著泰伯伦矿和Scrin的秘密纵错复杂。

GDI和Nod拥有混合新式与传统的部队，Scrin阵营则是完全创新、从无到有地赋予《终极动员令》玩家酷炫的新部队、建筑物和策略。这个新阵营让我们得以将一些部队设计和游戏内容上的创新付诸实践。

基本的Scrin部队包括担任前线步兵，称为蜂鸣攻击群的一大群剃刀状飞行物体、使用短程雷射切割火炬分解敌方部队的成群粉碎者、类似昆虫的震波部队，以及能对载具及飞行器发射电浆炮的搜索者坦克载具。中期游戏部队则包括能喷出泰伯伦毒液的腐蚀者，和能吸收环境中泰伯伦矿的毁灭者坦克。随著Scrin玩家升级科技取得他或她极具威力的后期游戏部队，GDI和Nod的玩家将面临更艰钜的挑战。

游戏的后期才是Scrin大展身手的真正舞台，各种能够称霸战场且玩起来有趣(这并非巧合)的先进部队纷纷出笼。举例来说，歼灭者三足机甲，是一种在灵活如水母般的脚状平台上，搭载三门可独立瞄准光束武器的战斗机甲。再举个例子，破坏者战舰，是一艘巨大的飞行炮击部队，可利用它远程的电浆武器将一座基地化为灰烬。又或是行星突击航母，一艘巨大的飞行战斗平台，其上搭载的众多小型战机群，可以独立地攻击地面上的众多目标。